總務課掌理下列事項： 一、動植物檢疫案件之受理、登錄及查詢事項。 二、核發動植物檢疫物品各項證明書與不合格通知書及證明書之管理。 三、檢疫、檢查規費之核計及收繳。 四、檢疫標識之領取、管理、分配、使用與統計。 五、申報發證資料、各種檢疫費率資料之調查、蒐集、整理、分析與建議。 六、營繕工程、財物、勞務之採購及管理。 七、辦公廳舍及財產之管理。 八、車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。 九、辦公廳舍安全及保全系統之監督及管理。 十、技工、駕駛及工友之管理。 十一、文書收發分配、繕校、檔案管理及公文稽催管制。 十二、印信典守事項。 十三、圖書雜誌及出版品之典藏及管理。 十四、公文電子傳送與交換事項。 十五、款項、票據及有價證券之收支、登記、保管、移轉。 十六、收支款項報告之編製。 十七、薪津發放及行政規費收繳。 十八、各類所得資料彙整、申報稅款繳交、扣繳憑單填發事項。 十九、公款結匯及代扣款事項彙辦。 二十、業務會議之召開、記錄及決議事項之彙整、協調、辦理及列管追蹤。 二十一、本分局電腦系統之規劃、管理及操作。 二十二、其他不屬於各課室主管之事項。
從這段法規中，可以看出總務課負責動植物檢疫案件的受理、登錄和查詢、核發各項證明書的管理、檢疫規費的核計和收繳、檢疫標識的管理、申報發證資料和檢疫費率資料的調查和整理、營繕工程、財物、勞務的採購和管理、辦公廳舍及財產的管理、車輛、油脂的管理調配、辦公廳舍安全及保全系統的監督及管理、技工、駕駛及工友的管理、文書收發分配、繕校、檔案管理、公文稽催管制、印信典守事項、圖書雜誌及出版品的典藏及管理、公文電子傳送與交換事項、款項、票據及有價證券的收支、收支款項報告的編製、薪津發放及行政規費收繳、各類所得資料的彙整、業務會議的召開、記錄和決議事項的彙整、本分局電腦系統的規劃、管理及操作，以及其他不屬於各課室主管的事項。 在法規中，涉及有關動植物檢疫的辦理及管理，以及行政事務的處理，同時也包含了財務管理和人力資源等範疇的內容。這些內容都是與辦理公務相關的，其參考資料應為行政院公告或公文，或相關法律法規的修訂。具體數據應以最新的相關法規或公文為準。
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