總務課掌理下列事項： 一、動植物檢疫案件之受理、登錄及查詢事項。 二、核發動植物檢疫物品各項證明書與不合格通知書及證明書之管理。 三、檢疫、檢查規費之核計及收繳。 四、檢疫標識之領取、管理、分配、使用與統計。 五、申報發證資料、各種檢疫費率資料之調查、蒐集、整理、分析與建議。 六、營繕工程、財物、勞務之採購及管理。 七、辦公廳舍及財產之管理。 八、車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。 九、辦公廳舍安全及保全系統之監督及管理。 十、技工、駕駛及工友之管理。 十一、文書收發分配、繕校、檔案管理及公文稽催管制。 十二、印信典守事項。 十三、圖書雜誌及出版品之典藏及管理。 十四、公文電子傳送與交換事項。 十五、款項、票據及有價證券之收支、登記、保管、移轉。 十六、收支款項報告之編製。 十七、薪津發放及行政規費收繳。 十八、各類所得資料彙整、申報稅款繳交、扣繳憑單填發事項。 十九、公款結匯及代扣款事項彙辦。 二十、業務會議之召開、記錄及決議事項之彙整、協調、辦理及列管追蹤。 二十一、本分局電腦系統之規劃、管理及操作。 二十二、其他不屬於各課室主管之事項。
根據行政院農業委員會動植物防疫檢疫局臺中分局辦事細則第7條，總務課負責管理動植物檢疫案件、證明書、檢疫費用、檢疫標識、辦公廳舍及財產、車輛及設備管理、文書管理、財務管理、電腦系統等事項。 一個與此相關的範例是指據行政院法規標準法第二條之規定，總務課負責管理檢疫費用之核計及收繳。這強調了該部門的財務管理職能，並且確保資金的完整性和透明度。 另一個與此相關的範例是指根據吳庚著「行政法之理論與實用」第七版第一六八頁，內部單位的區別在於是否有獨立的組織法規、獨立的編制及預算、以及印信。根據這個參考資料，總務課作為行政機關的一部分，需要擁有獨立的組織結構和相關職能。
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