本分局因業務需要，設高雄港口檢疫站、高雄機場檢疫站、屏東檢疫站、台南檢疫站及金門檢疫站，各置主任一人，由本分局派技正兼任，綜理站務；其所需工作人員由本分局法定編制員額內調配。但因業務需要，得增設檢疫站。
根據行政院農業委員會動植物防疫檢疫局高雄分局辦事細則第11條的規定，本分局因業務需要可以設立高雄港口檢疫站、高雄機場檢疫站、屏東檢疫站、台南檢疫站及金門檢疫站。每個檢疫站都設置一位主任，並由本分局派遣技正兼任，負責綜理站務。所需的工作人員則由本分局的法定編制內調配，但如果業務需要，也可以增設檢疫站。 這項規定不僅明確了各檢疫站的設置方式和管理架構，也強調了根據業務需要調整檢疫站的彈性。例如，如果某個地區的疫情爆發，可能需要臨時增設檢疫站來應對突發情況。这些規定都是為了保障植物的健康和農業的安全。
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