本分局設動物檢疫課、植物檢疫課、肉品檢查課、總務課、人事室、會計室、政風室。
根據行政院農業委員會動植物防疫檢疫局高雄分局辦事細則第 4 條，該分局設有動物檢疫課、植物檢疫課、肉品檢查課、總務課、人事室、會計室、政風室。這表示該分局在組織上分為不同的課程和辦公室，以處理動物檢疫、植物檢疫和其他相關工作。相關範例可參考行政院農業委員會動植物防疫檢疫局相關公告或文件，以更清楚了解各部門的職責和工作內容。
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