會計室掌理下列事項： 一、本局歲入、歲出概（預）算之籌編、分配與控制。 二、會計報告與年度決算之編製。 三、原始憑證之查核、整理、保管及送審。 四、本局營繕工程、財物、勞務採購之招標、比價、議價與驗收之會同監辦及其經費開支之內部審核。 五、各項經常性費用之審核。 六、歲出應付款之審核、保留及分配預算之編製。 七、本局各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款、保留及執行機關帳務之審核。 八、本局主管計畫經費處理相關規定之擬訂及輔導。 九、本局財物作業之監辦及查核。 十、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計制度之規劃、研擬及改進。 十一、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計資料之蒐集、整理、審核及分析。 十二、動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計報告之編製及統計資料檔案之建立、管理。 十三、本局所屬各分局主計事務之督導。 十四、本局暨所屬機關主計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬辦。 十五、其他有關會計、歲計、統計事項。
根據行政院農業委員會動植物防疫檢疫局辦事細則第 12 條，會計室主要負責各項與歲入、歲出、會計報告、經費開支、計畫經費處理等相關事項。這包括預算籌編、會計報告編製、經費審核、補助計畫審核、財務管理等工作。該條例明確規定了會計室的責任和職掌，保障了財務管理的合法性和透明度。 參考資料：行政院農業委員會動植物防疫檢疫局辦事細則 舉例：根據該辦事細則，會計室需要監督原始憑證的整理與保管，並進行經費開支的內部審核。同時，也需要對動植物防疫檢疫、畜禽屠宰管理統計制度進行規劃、研擬及改進，並負責相關報告的編製和統計資料檔案的管理。
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