本局設動物防疫組、動物檢疫組、肉品檢查組、植物防疫組、植物檢疫組、企劃組及秘書室、人事室、會計室、政風室。
根據行政院農業委員會動植物防疫檢疫局辦事細則第 4 條，該局設有動物防疫組、動物檢疫組、肉品檢查組、植物防疫組、植物檢疫組、企劃組及秘書室、人事室、會計室、政風室。這些組與室的設立符合該條規定，并且提供了構成部門的清單。 參考資料：行政院農業委員會動植物防疫檢疫局組織通則 例子：根據辦事細則第 4 條的規定，該局分為不同的組和室，如動物防疫組、植物檢疫組等。这些部门的設立和運作符合組織通則中的規定。
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