代檢機構有下列情事之一，中央主管機關得終止指定： 一、未依職業安全衛生相關法令執行代檢業務者。 二、利用代行檢查職權，推介相關教育訓練或技術服務者。 三、使第三條第三款至第五款之專職人員，從事與代檢業務無關之事務者。 四、違反契約、無正當理由不履行契約或未有效執行者。 五、主動申請廢止指定者。 六、其他經中央主管機關認定情節重大者。
根據『危險性機械或設備代行檢查機構管理規則』第32條，代檢機構若有下列情事之一，中央主管機關得終止其指定：一、未依職業安全衛生相關法令執行代檢業務者。二、利用代行檢查職權，推介相關教育訓練或技術服務者。三、使專職人員從事與代檢業務無關之事務。四、違反契約、無正當理由不履行契約或未有效執行者。五、主動申請廢止指定。六、其他經中央主管機關認定情節重大者。 這項法規的依據是來自於《勞工安全衛生法》第32條（罰則）： 有左列情形之一者，處1年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣九萬元以下罰金：一、違反第5條第1項或第8條第1項之規定，致發生第28條第2項第2款之職業災害。 根據這條法規，代檢機構若違反職業安全衛生法令，有可能被終止指定，並且可能面臨刑事罰款或刑事責任。
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