主辦機關得採用下列二種模式興建營運垃圾焚化廠： 一、「建設－營運－轉移」（Build-Operate-Transfer，簡稱BOT）模式，應由主辦機關提供用地及設定地上權。 二、「建設－營運－擁有」（Build-Operate-Own，簡稱BOO）模式，應由公民營機構自行備妥土地方式辦理。
根據鼓勵公民營機構興建營運垃圾焚化廠作業辦法第 4 條，主辦機關可以採用兩種模式來興建營運垃圾焚化廠：一種是「建設－營運－轉移」（BOT）模式，另一種是「建設－營運－擁有」（BOO）模式。 以最新法規為例，政府為鼓勵民間興建垃圾焚化廠，提供兩種條件不同的模式，分別是提供用地及設定地上權，或者由民間機構自行備妥土地方式辦理。這兩種模式的選擇取決於主辦機關以及民間機構的協商與配合。
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