本法所定直轄市主管機關之權限如下： 一、有關直轄市環境影響評估工作之規劃及執行事項。 二、有關直轄市環境影響評估相關法規之訂定、審核及釋示事項。 三、依第十二條第一項分工所列之環境影響說明書、評估書、環境影響調查報告書及其他環境影響評估書件之審查事項。 四、有關直轄市主管機關審查通過或由中央主管機關移轉管轄權至直轄市主管機關之開發行為環境影響說明書、評估書及審查結論或環境影響調查報告書及其因應對策執行之監督事項。 五、有關直轄市環境影響評估資料之蒐集、建立及交流事項。 六、有關直轄市環境影響評估之研究發展事項。 七、有關直轄市環境影響評估專業人員訓練及管理事項。 八、有關直轄市環境影響評估宣導事項。 九、有關直轄市環境影響評估工作之監督、輔導事項。 十、其他有關直轄市環境影響評估事項。
根據環境影響評估法施行細則第 4 條，直轄市主管機關的權限包括：規劃及執行直轄市環境影響評估工作、制定、審核及釋示相關法規、審查環境影響說明書、評估書、環境影響調查報告書等文件、監督審查結論、環境影響調查報告書和環境影響評估資料的蒐集、建立及交流、研究發展、專業人員訓練及管理、宣導、監督輔導等事項。具體而言，主管機關在審查環境影響評估報告書時應考慮該報告書的科學性、客觀性和綜合性，並且監督和輔導直轄市的環境影響評估工作。這些權限在慎重審慎以達到環境保護的目的。
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