La chambre territoriale des comptes de Saint-Pierre-et-Miquelon a le même président, les mêmes magistrats, le ou les mêmes représentants du ministère public et le même siège que la chambre régionale des comptes d'Ile-de-France.
La chambre territoriale des comptes de Saint-Barthélemy et la chambre territoriale des comptes de Saint-Martin ont le même président, les mêmes magistrats, le ou les mêmes représentants du ministère public et le même siège que la chambre régionale des comptes de la Guadeloupe.
Les effectifs de la chambre territoriale des comptes peuvent être complétés par des magistrats de l'ordre judiciaire dans les conditions fixées par voie réglementaire.
L'intérim du ministère public auprès de la chambre territoriale des comptes peut être exercé, pour une période n'excédant pas six mois, par un magistrat d'une chambre régionale ou territoriale des comptes remplissant les conditions réglementaires pour être délégué dans les fonctions du ministère public, désigné sur proposition du président de la chambre territoriale par décision conjointe du premier président de la Cour des comptes et du procureur général près la Cour des comptes. Il est mis fin à cet intérim par décision du procureur général qui en tient informé le premier président.
Un décret en Conseil d'Etat fixe les modalités d'organisation et de fonctionnement de la chambre territoriale des comptes.