Les ressources de l'Institut national de recherche en informatique et en automatique comprennent des subventions de l'Etat et des ressources provenant notamment des accords conclus par l'institut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux.
En application de l'article 190 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, des agents comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'Institut national de recherche en informatique et en automatique après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.
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