L'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.
Les ressources du SHOM comprennent notamment : 1° Les subventions de l'Etat, de l'Union européenne, des collectivités publiques et tout organisme public ou privé, français, étranger ou international ; 2° Le produit de la vente des cartes, ouvrages et documents nautiques édités par le SHOM ; 3° Le produit des prestations et travaux divers exécutés à titre onéreux par l'établissement ; 4° Le produit financier des résultats du placement des fonds ; 5° Les produits d'emprunt ; 6° Les ressources provenant d'accords que l'établissement conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux ; 7° Le produit des cessions de biens meubles ; 8° Le remboursement des frais de scolarité et de stage ; 9° Le produit de l'exploitation directe ou indirecte des droits de propriété intellectuelle ; 10° Les dons et legs ; 11° Les revenus procurés par les participations financières et les produits de leur cession ; 12° Les rémunérations et les participations liées aux programmes de recherche ; 13° Les participations diverses. L'établissement est autorisé à placer ses fonds disponibles dans les conditions fixées par le ministre chargé du budget.
Les dépenses du SHOM comprennent : 1° Les frais de personnel ; 2° Les frais de fonctionnement ; 3° Les frais d'investissement et d'équipement.
Le SHOM peut prendre des participations financières et créer des filiales en vue notamment de valoriser les résultats de recherches et de participer à des initiatives nationales et internationales destinées en particulier à améliorer la coordination des actions dans le domaine de l'environnement marin.
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