Les dispositions relatives à la surveillance et protection des personnes détenues hospitalisées dans l'unité spécialement aménagée, au respect de l'exécution des décisions judiciaires et des exigences de sécurité, ainsi qu'au signalement des incidents sont fixées aux articles R. 322-15 à R. 322-25 du code pénitentiaire.
Les dispositions relatives à l'application du régime disciplinaire des établissements pénitentiaires dans l'unité spécialement aménagée sont fixées par les articles R. 322-26 et R. 322-27 du code pénitentiaire.
Les dispositions organisant le maintien des relations des personnes détenues dans l'unité spécialement aménagée avec l'extérieur sont fixées par les articles R. 322-28, R. 322-29 et R. 322-30 du code pénitentiaire.