Le droit à congés payés du marin est calculé à raison de trois jours calendaires par mois. Le temps passé dans l'attente du rapatriement et la durée du voyage ne peuvent pas être déduits des congés payés acquis par le marin. La prise de congés ne peut être remplacée par une indemnité compensatrice, sauf si la relation de travail est arrivée à son terme.
Une convention ou un accord collectif de branche étendu peut prévoir de regrouper des droits à congés légaux et conventionnels du marin avec d'autres repos compensatoires légaux et conventionnels sur une période de référence qui ne peut être supérieure à une année. La convention ou l'accord collectif établissant ce dispositif dénommé " repos-congés " précise ses modalités de mise en œuvre, sans pouvoir déroger aux dispositions de l'article L. 5544-15 en matière de durée minimale de repos, sauf dans les conditions prévues aux articles L. 5544-4, L. 5544-15 et L. 5544-16.
Pour les marins rémunérés à la part au sens de l'article L. 5544-35, une convention ou un accord de branche étendu peut décider d'imputer la charge qui résulte des congés payés sur les frais communs du navire. L'indemnité de congés payés de ces marins est calculée sur la base d'un montant forfaitaire identique pour l'ensemble des membres de l'équipage. Le contrat de travail en définit les modalités de calcul et de versement.
Les conditions d'application aux marins des dispositions du chapitre II du titre IV du livre Ier de la troisième partie du code du travail relatives au congé sabbatique et au congé pour création d'entreprise sont fixées, compte tenu des adaptations nécessaires, par décret en Conseil d'Etat.
En cas de différend entre un marin et son employeur relatif aux congés mentionnés au chapitre II du titre IV du livre Ier de la troisième partie du code du travail, le refus de l'employeur peut être directement contesté par le marin devant le tribunal judiciaire.
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