Les audits de conformité sont réalisés au moins une fois au cours de chaque période d'agrément des fonds de mutualisation. Pour la première période d'agrément d'un fonds de mutualisation, un audit de conformité est réalisé à l'issue des douze premiers mois suivant la date d'agrément d'un fonds de mutualisation. Ces audits permettent de vérifier :
- la conformité des règles de fonctionnement des fonds de mutualisation aux conditions d'agrément ;
- le respect des règles de présentation des comptes des fonds de mutualisation définies au moment de leur agrément dans leur dossier comptable et financier ;
- l'état des ressources et des dépenses et leur conformité par rapport au dossier d'agrément ;
- le maintien d'au minimum une section spécialisée opérationnelle au sens de l'article R. 361-60 du code rural et de la pêche maritime ;
- la conformité et la justification des dépenses figurant dans les comptes des fonds de mutualisation aux dépenses déclarées par ceux-ci pour le paiement des contributions publiques relatives aux coûts administratifs liés à la mise en place des fonds de mutualisation ;
- l'absence de cumul, pour le fonds de mutualisation, entre la contribution financière de la première section du Fonds national de gestion des risques en agriculture ou de celle de l'Union européenne prévue aux articles 36 et 38 du règlement (UE) n° 1305/2013 susvisé et un autre soutien public conformément à l'article D. 361-65 du code rural et de la pêche maritime.
En cas de manquement à l'un des points précédents ou à l'une des conditions mentionnées à l'article R. 361-60 du code rural et de la pêche maritime, constaté lors de l'audit de conformité, le ministre chargé de l'agriculture peut, après avoir mis l'intéressé à même de présenter ses observations et accordé un délai de mise en conformité, décider de suspendre l'agrément qu'il lui a été délivré. Cette décision est motivée. La suspension est levée dès lors que les corrections sont apportées par le fonds de mutualisation.