登録免許税法 第三章　納付及び還付

官庁又は公署が別表第一第一号から第三十一号までに掲げる登記等を受ける者のために当該登記等を登記官署等に嘱託する場合には、当該登記等を受ける者は、当該登記等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税を国に納付し、当該納付に係る領収証書を当該官庁又は公署に提出しなければならない。この場合において、当該官庁又は公署は、当該領収証書を当該登記等の嘱託書（当該官庁又は公署が電子情報処理組織を使用して当該登記等の嘱託を行う場合には、当該登記等に係る登記機関の定める書類。第二十五条及び第三十一条第三項において同じ。）に貼り付けて登記官署等に提出するものとする。

2前項の場合において、登録免許税の額が三万円以下であるときは、登記等を受ける者は、同項の規定にかかわらず、同項の嘱託する官庁又は公署に対し、当該登録免許税の額に相当する金額の印紙を提出して登録免許税を国に納付することができる。この場合において、当該官庁又は公署は、当該印紙を同項に規定する登記等の嘱託書に貼り付けて登記官署等に提出するものとする。

別表第一に掲げる登録、特許、免許、許可、認可、認定、指定又は技能証明で政令で定めるもの（以下この章において「免許等」という。）につき課されるべき登録免許税については、当該免許等を受ける者は、当該免許等に係る登記機関が定めた期限までに、当該登録免許税の額に相当する登録免許税を国に納付し、当該納付に係る領収証書を当該登記機関の定める書類に貼り付けて登記官署等に提出しなければならない。

2免許等に係る登記機関は、当該免許等に係る前項の登録免許税の納付の期限及び書類を定めなければならない。この場合には、その期限を当該免許等をする日から一月を経過する日後としてはならない。

登記等を受ける者又は次条第一項の規定による委託を受けた納付受託者（第二十四条の四第一項に規定する納付受託者をいう。次条において同じ。）は、当該登記等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税又は当該委託を受けた登録免許税を、第二十一条から前条までの規定にかかわらず、電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であつて財務省令で定めるものにより国に納付することができる。ただし、登記機関が当該財務省令で定める方法による当該登録免許税の額の納付の事実を確認することができない場合として財務省令で定める場合は、この限りでない。

2免許等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税を前項に規定する財務省令で定める方法により国に納付する場合には、当該免許等に係る登記機関は、当該免許等につき課されるべき登録免許税の納付の期限を定めなければならない。この場合には、その期限を当該免許等をする日から一月を経過する日後としてはならない。

登記等を受ける者は、当該登記等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税を電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法により行う納付受託者に対する通知で財務省令で定めるものに基づき納付しようとするときは、当該納付受託者に納付を委託することができる。

2前項の規定により免許等につき課されるべき登録免許税の額に相当する登録免許税の納付を委託する場合における前条第二項の規定の適用については、同項中「納付の」とあるのは、「納付の委託の」とする。

3登記等を受ける者が第一項の通知に基づき登録免許税を納付しようとする場合において、納付受託者が当該登録免許税の納付の委託を受けたときは、当該委託を受けた日に当該登録免許税の納付があつたものとみなして、国税通則法の延滞税に関する規定を適用する。

登録免許税の納付に関する事務（以下この項及び第二十四条の六第一項において「納付事務」という。）を適正かつ確実に実施することができると認められる者であり、かつ、政令で定める要件に該当する者として登記等を所管する省庁の長（以下「所管省庁の長」という。）が指定するもの（以下「納付受託者」という。）は、当該登記等を受ける者の委託を受けて、納付事務を行うことができる。

2所管省庁の長は、前項の規定による指定をしたときは、納付受託者の名称、住所又は事務所の所在地その他財務省令で定める事項を公示しなければならない。

3納付受託者は、その名称、住所又は事務所の所在地を変更しようとするときは、あらかじめ、その旨を所管省庁の長に届け出なければならない。

4所管省庁の長は、前項の規定による届出があつたときは、当該届出に係る事項を公示しなければならない。

納付受託者は、第二十四条の三第一項の規定による委託を受けたときは、政令で定める日までに当該委託を受けた登録免許税を国に納付しなければならない。

2納付受託者は、第二十四条の三第一項の規定による委託を受けたときは、遅滞なく、財務省令で定めるところにより、その旨及びその年月日を当該委託に係る所管省庁の長に報告しなければならない。

納付受託者は、財務省令で定めるところにより、帳簿を備え付け、これに納付事務に関する事項を記載し、及びこれを保存しなければならない。

2所管省庁の長は、前二条及びこの条の規定を施行するため必要があると認めるときは、その必要な限度で、財務省令で定めるところにより、納付受託者に対し、報告をさせることができる。

3所管省庁の長は、前二条及びこの条の規定を施行するため必要があると認めるときは、その必要な限度で、その職員に、納付受託者の事務所に立ち入り、納付受託者の帳簿書類（その作成又は保存に代えて電磁的記録（電子的方式、磁気的方式その他人の知覚によつては認識することができない方式で作られる記録であつて、電子計算機による情報処理の用に供されるものをいう。）の作成又は保存がされている場合における当該電磁的記録を含む。）その他必要な物件を検査させ、又は関係者に質問させることができる。

4前項の規定により立入検査を行う職員は、その身分を示す証明書を携帯し、かつ、関係者の請求があるときは、これを提示しなければならない。

5第三項に規定する権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。

所管省庁の長は、第二十四条の四第一項の規定による指定を受けた者が次の各号のいずれかに該当するときは、その指定を取り消すことができる。

一第二十四条の四第一項に規定する指定の要件に該当しなくなつたとき。

二第二十四条の五第二項又は前条第二項の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたとき。

三前条第一項の規定に違反して、帳簿を備え付けず、帳簿に記載せず、若しくは帳簿に虚偽の記載をし、又は帳簿を保存しなかつたとき。

四前条第三項の規定による立入り若しくは検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又は同項の規定による質問に対して陳述をせず、若しくは虚偽の陳述をしたとき。

2所管省庁の長は、前項の規定により指定を取り消したときは、その旨を公示しなければならない。

登記機関は、登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。次項及び第四項において同じ。）に記載された当該登記等に係る登録免許税の課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額が国税に関する法律の規定に従つていなかつたとき、その他当該課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額がその調査したところと異なるときは、その調査したところにより認定した課税標準の金額若しくは数量又は登録免許税の額を当該登記等を受ける者に通知するものとする。ただし、他の法令の規定により当該登記等の申請を却下するときは、この限りでない。

2前項の通知を受けた者は、当該通知に係る登記等を受けることをやめる場合を除き、遅滞なく、当該通知を受けた登録免許税の額と当該登記等の申請書に記載された登録免許税の額との差額に相当する登録免許税を国に納付し、その納付に係る領収証書を当該通知に係る登記官署等に提出しなければならない。

3前項の場合において、第一項の通知に係る登録免許税が免許等以外の登記等に係るものであり、かつ、当該通知をした登記機関が認めるときは、前項に規定する登記等を受ける者は、遅滞なく、同項に規定する差額に相当する金額の印紙を当該通知に係る登記官署等に提出することにより、当該差額に相当する登録免許税を国に納付することができる。

4第二項の場合において、第一項の通知を受けた者は、当該通知に係る登記等の申請書に記載された登録免許税を第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により納付しているときは、第二項に規定する差額に相当する登録免許税を当該方法により国に納付することができる。

登録免許税を納付すべき期限は、次の各号に掲げる登録免許税の区分に応じ、当該各号に定める時又は期限とする。

一次号に掲げる登録免許税以外の登録免許税当該登録免許税の納付の基因となる登記等を受ける時

二免許等に係る登録免許税で当該登録免許税に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項（第二十四条の三第二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の期限が当該登録免許税の納付の基因となる免許等を受ける日後であるもの当該期限

登記機関は、登録免許税の納期限後において登記等を受けた者が第二十一条から第二十三条まで（第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、第二十四条、第二十四条の二第一項又は第二十六条第二項から第四項までの規定により当該登記等につき納付すべき登録免許税の額の全部又は一部を納付していない事実を知つたときは、第三項の規定の適用がある場合を除き、遅滞なく、当該登記等を受けた者の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に対し、その旨及び財務省令で定める事項を通知しなければならない。

2前項の通知は、登記等を受けた者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者（当該登記等が登記又は登録の権利者及び義務者の申請に係るものである場合には、当該権利者のうちから選定した者）の同項の納税地の所轄税務署長にするものとする。

3登記機関は、登録免許税の納期限（第二十四条の五第一項に規定する政令で定める日が当該納期限後に到来する場合には、当該政令で定める日）後において、納付受託者が第二十四条の三第一項の規定による委託を受けた登録免許税の額の全部又は一部を納付していない事実を知つたときは、遅滞なく、当該納付受託者の住所又は事務所の所在地の所轄税務署長に対し、その旨及び財務省令で定める事項を通知しなければならない。

税務署長は、前条第一項の通知を受けた場合には、当該通知に係る同項に規定する納付していない登録免許税を当該通知に係る登記等を受けた者から徴収する。

2税務署長は、前条第三項の通知を受けた場合には、国税の保証人に関する徴収の例により当該通知に係る同項に規定する納付していない登録免許税を当該通知に係る納付受託者から徴収する。

3税務署長は、第二十四条の五第一項の規定により納付受託者が納付すべき登録免許税については、当該納付受託者に対して国税通則法第四十条（滞納処分）の規定による処分をしてもなお徴収すべき残余がある場合でなければ、その残余の額について当該登録免許税に係る登記等を受けた者から徴収することができない。

4税務署長は、第一項に規定する場合のほか、登記等を受けた者が第二十一条から第二十三条まで（第三十五条第四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、第二十四条、第二十四条の二第一項又は第二十六条第二項から第四項までの規定により当該登記等につき納付すべき登録免許税の額の全部又は一部を納付していない事実を知つた場合には、当該納付していない登録免許税をその者から徴収する。

登記機関は、次の各号に掲げる場合のいずれかに該当する場合には、遅滞なく、当該各号に定める登録免許税の額その他政令で定める事項を登記等の申請をした者又は登記等を受けた者（これらの者が二人以上ある場合には、そのうち登記機関の選定した者）の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に通知しなければならない。

一登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請が却下された場合（第四項において準用する第三項の証明をする場合を除く。）当該納付された登録免許税の額

二登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつた場合（第三項の証明をする場合を除く。）当該納付された登録免許税の額

三過大に登録免許税を納付して登記等を受けた場合当該過大に納付した登録免許税の額

2登記等を受けた者は、当該登記等の申請書（当該登記等が官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては財務省令で定める書類とする。）に記載した登録免許税の課税標準又は税額の計算が国税に関する法律の規定に従つていなかつたこと又は当該計算に誤りがあつたことにより、登録免許税の過誤納があるときは、当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等に係る第二十四条第一項又は第二十四条の二第二項（第二十四条の三第二項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）に規定する期限が当該免許等をした日後であるときは、当該期限）から五年を経過する日までに、政令で定めるところにより、その旨を登記機関に申し出て、前項の通知をすべき旨の請求をすることができる。

3登記機関は、登記等を受ける者から登記等の申請の取下げにあわせて、当該登記等の申請書（当該登記等が第二十三条の官庁又は公署の嘱託による場合にあつては当該登記等の嘱託書とし、当該登記等が免許等である場合にあつては当該登記等に係る登記機関の定める書類とする。次項において同じ。）に貼り付けられた登録免許税の領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを当該登記官署等における登記等について当該取下げの日から一年以内に再使用したい旨の申出があつたときは、政令で定めるところにより、当該領収証書又は印紙につき再使用することができる証明をすることができる。この場合には、第五項の申出があつたときを除き、当該証明を受けた領収証書又は印紙に係る登録免許税は、還付しない。

4前項の規定は、登記機関が、登記等の却下に伴い当該登記等の申請書を当該申請者に返付する場合において、当該申請書に貼り付けられた登録免許税の領収証書又は印紙で使用済みの旨の記載又は消印がされたものを当該登記官署等における登記等について当該却下の日から一年以内に再使用させることを適当と認めるときについて準用する。

5第三項（前項において準用する場合を含む。）の証明を受けた者は、当該証明に係る領収証書又は印紙を再使用しないこととなつたときは、当該証明をした登記機関に対し、当該証明のあつた日から一年を経過した日までに、政令で定めるところにより、当該証明を無効とするとともに、当該領収証書で納付した登録免許税又は当該印紙の額に相当する登録免許税の還付を受けたい旨の申出をすることができる。この場合において、当該申出があつたときは、当該申出を新たな登記等の申請の却下又は取下げとみなして第一項の規定を適用する。

6第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該登録免許税の納付に係る登記等を受けることをやめる場合には、当該登録免許税を納付した者は、当該納付した日（第二十四条の三第一項の規定により当該登録免許税の納付の委託をした者にあつては、当該納付の委託をした日。次項において同じ。）から六月を経過する日までに、政令で定めるところによりその旨を登記機関に申し出て、当該登録免許税の額その他政令で定める事項を当該登録免許税を納付した者の当該登録免許税に係る第八条第二項の規定による納税地の所轄税務署長に対し通知をすべき旨の請求をすることができる。

7第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該納付した日から六月を経過する日までに当該登録免許税の納付に係る登記等の申請をしなかつた場合には、前項の請求があつたものとみなす。

8登録免許税の過誤納金に対する国税通則法第五十六条から第五十八条まで（還付・充当・還付加算金）の規定の適用については、次の各号に掲げる場合の区分に応じ、当該各号に定める日に納付があつたものとみなす。ただし、当該各号（第二号を除く。）に掲げる場合のいずれかに該当する場合の登録免許税に係る過誤納金のうち当該各号に定める日後に納付された登録免許税の額に相当する部分については、この限りでない。

一登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請を却下した場合（第四項において準用する第三項の証明をした場合を除く。）当該却下した日

二第五項の申出があつた場合当該申出があつた日

三登録免許税を納付して登記等の申請をした者につき当該申請の取下げがあつた場合（第三項の証明をした場合を除く。）当該取下げがあつた日

四過大に登録免許税を納付して登記等を受けた場合当該登記等を受けた日（当該登記等が免許等である場合において、当該免許等を受けた日が当該免許等に係る第二十七条第二号に定める期限前であるときは、当該期限）

五第二十四条の二第一項に規定する財務省令で定める方法により登録免許税を納付した者が当該登録免許税の納付の基因となる登記等の申請をしなかつた場合第六項の申出があつた日（同項の申出がなかつた場合には、前項に規定する六月を経過する日）