本水庫有下列情事之一時應開始防洪運轉：
一、颱風或豪雨情況時水庫水位超過標高二百二十五公尺或水庫水位及水庫進水量達到附表二之水庫水位及水庫進水量。
二、非颱風或豪雨情況時，水庫水位超標高二百二十七公尺或水庫水位及水庫進水量達到附表三之水庫水位及水庫進水量。
附表二 颱風或豪雨情況下應開始防洪運轉之水庫進水量
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│水庫水位 (│二二│二二│二二│二二│二二│二二│二一│二一│
│標高公尺) │五 │四 │三 │二 │一 │○ │九 │八 │
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│水庫進水量│一○│四○│八○│一、│一、│二、│三、│四、│
│ (秒立方公│○ │○ │○ │二○│七○│二○│○○│○○│
│尺) │ │ │ │○ │○ │○ │○ │○ │
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┌─────┬──┬──┬──┐
│水庫水位 (│二一│二一│二一│
│標高公尺) │七 │六 │五 │
├─────┼──┼──┼──┤
│水庫進水量│五、│六、│七、│
│ (秒立方公│○○│○○│○○│
│尺) │○ │○ │○ │
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附表三 非颱風或豪雨情況下應開始防洪運轉之水庫進水量
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│水庫水位 (│二二│二二│二二│二二│二二│二二│
│標高公尺) │七 │六 │五 │四 │三 │二 │
├─────┼──┼──┼──┼──┼──┼──┤
│水庫進水量│五○│一、│一、│二、│三、│四、│
│ (秒立方公│○ │○○│五○│○○│○○│○○│
│尺) │ │○ │○ │○ │○ │○ │
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臺灣省曾文水庫運用規則（新 88.06.30 訂定） 第三章 防洪運轉
§ 14–21共 8 條
防洪運轉時，應依下列規定操作溢洪道閘門：
一、閘門之開啟，應自最小容許流量開始，一號閘門為二百五十秒立方公尺，二號閘門為三百秒立方公尺，三號閘門為三百五十秒立方公尺。二、閘門之開度每小時得調整一次，每次調整增加之洩洪總流量不得超過一千五百秒立方公尺。颱風或豪雨情況下可視情況每三十分鐘調整一次，每次調整增加之洩洪總流量不得超過一千秒立方公尺。
三、溢洪道流量大於九百秒立方公尺時，三座閘門應同時操作，並維持同一開度。
四、使用二座閘門運轉時，應先啟用二號及三號閘門，使用一座閘門運轉時，應先啟用二號閘門。
防洪運轉時，水庫之放水量應依下列規定：
一、在洪峰未過前，洩洪總流量超過二千二百五十秒立方公尺時，洩洪總流量之增加率應小於水庫進水流量之最高增加率，洩洪總流量應小於最大進水流量。水庫水位超過標高二百三十公尺，或水庫水位及水庫進水量達到附表四之設計洪水情況時，即以最大容許放水量放水。
二、洪峰過後，水位低於標高二百三十公尺，洩洪總流量不得大於進水流量加上附表五之增放水量，且不得大於進水流量之洪峰。
附表四 可視為設計洪水之進水量狀況
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│水庫水位 (│二三│二二│二二│二二│二二│二二│二二│
│標高公尺) │○ │九 │八 │七 │六 │五 │四 │
├─────┼──┼──┼──┼──┼──┼──┼──┤
│水庫進水量│二、│三、│四、│五、│六、│七、│八、│
│ (秒立方公│○○│○○│○○│○○│○○│○○│○○│
│尺) │○ │○ │○ │○ │○ │○ │○ │
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附表五 洪峰通過後水位低於標高二三○公尺時之可增放水量
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│水庫水位 (│二三│二二│二二│二二│二二│二二│
│標高公尺) │○ │九 │八 │七 │六 │五 │
├─────┼──┼──┼──┼──┼──┼──┤
│水庫進水量│一、│九○│八○│七○│六○│五○│
│ (秒立方公│○○│○ │○ │○ │○ │○ │
│尺) │○ │ │ │ │ │ │
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本水庫有下列情事之一時，應停止防洪運轉：
一、洪峰已過，水庫水位未超過標高三百二十七公尺，且水庫水位及水庫進水量低於附表六之水庫水位及水庫進水量。
二、依十四條第一款規定開始之防洪運轉，洪峰未過，水庫水位未超過標高二百二十五公尺且水庫水位及水庫進水量低於附表二之水庫水位及水庫進水量。
三、依第十四條第二款規定開始之防洪運轉，洪峰未過，水庫水位未超過標高二百二十七公尺且水庫水位及水庫進水量低於附表三之水庫水位及水庫進水量。
四、依第十四條第一款開始之防洪運轉，於颱風或豪雨情況解除後，進水流量及水庫水位無同條第二款及緊急情況之情事。
附表六 防洪運轉關閉閘門之水庫進水量
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│水庫水位 (│二二│二二│二二│二二│二二│二二│二二│二二│
│標高公尺) │七 │六 │五 │四 │三 │二 │一 │○ │
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│水庫進水量│○ │五○│九五│一、│一、│二、│二、│三、│
│ (秒立方公│ │○ │○ │四○│八五│二五│七○│一五│
│尺) │ │ │ │○ │○ │○ │○ │○ │
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┌─────┬──┬──┬──┬──┬──┬──┐
│水庫水位 (│二一│二一│二一│二一│二一│二一│
│標高公尺) │九 │八 │七 │六 │五 │四 │
├─────┼──┼──┼──┼──┼──┼──┤
│水庫進水量│三、│三、│四、│四、│五、│五、│
│ (秒立方公│五五│九○│三○│七○│一○│四五│
│尺) │○ │○ │○ │○ │○ │○ │
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南水局應於溢洪道洩洪開始一小時前，由該局將洩洪量迅速有效向下游地區發布洩洪警報，並以電話通知經濟部水利處及其轄區內警察機關，迅速轉知下游居民，開始洩洪運轉之第一小時，並應以最低容許洩洪量洩放，以示警告。
防洪運轉時，洩洪總流量達五千五百秒立方公尺時，曾文發電廠應停止發電。
防洪運轉時，為排除進水口附近淤砂，得使用河道放水道放水。
東口導水堰排砂閘門有下列情事之一時應予開啟：
一、沖除泥砂或淤積之雜物。
二、防洪運轉。
三、因地區性陣雨使到達東口導水堰之流量超過東口進水口之最大容許進水量。
四、依第十條第一項但書規定在東口溢流時。
五、供應下游用水。
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