根據中央行政機關組織基準法第4條，中央行政機關的組織分為兩種情形。第一種情形是一級機關、二級機關和三級機關的組織由法律來確定，而其他機關的組織則由命令來確定。第二種情形是獨立機關的組織均由命令來確定。根據法條的規定，由命令設立的機關在發布命令時，應立即送交立法院。這表示其他機關的組織可以由命令來確定，不需要經過法律的程序，且必須在命令發布後立即送交立法院。例如，假設有一個三級機關的組織需要進行調整，這個調整就可以透過命令來進行。而獨立機關的組織就完全由命令來確定，不需要經過法律的程序。
下列機關之組織以法律定之，其餘機關之組織以命令定之： 一、一級機關、二級機關及三級機關。 二、獨立機關。 前項以命令設立之機關，其設立、調整及裁撤，於命令發布時，應即送立法院。
立法理由一、本條明定機關組織應以法律規定之層級與類別，其餘則授權行政機關以命令定之。 二、民主國家行政機關受立法機關監督，乃為常軌。行政機關組織除要具有前瞻與彈性外，因政府組織執行公權力，且牽涉人民權利與義務至巨，其設立應受民意機關監督，不宜由行政機關恣意設置，以免影響人民自由與權利。是以行政機關組織除與人民權利義務較不密切之四級機關以及附屬機構，可授權以命令定訂外，其餘三級以上機關以及與人民權利義務有密切相關之附屬機構之組織，均應立法受國會同意後始可設立。又中央法規標準法第五條第三款規定：「國家各機關之組織應以法律定之。」並無四級機關得授權另以命令定之之規定，為使法律調和，中央法規標準法五條第三款宜配合修正。 三、行政機關組織或附屬機構授權以命令設立者，基於民意監督，於其設立、調整及裁撤之命令發布時，應即送立法院，俾能了解有無違法。
一、本條明定機關組織應以法律規定之層級與類別，其餘則授權行政機關以命令定之。 二、民主國家行政機關受立法機關監督，乃為常軌。行政機關組織除要具有前瞻與彈性外，因政府組織執行公權力，且牽涉人民權利與義務至巨，其設立應受民意機關監督，不宜由行政機關恣意設置，以免影響人民自由與權利。是以行政機關組織除與人民權利義務較不密切之四級機關以及附屬機構，可授權以命令定訂外，其餘三級以上機關以及與人民權利義務有密切相關之附屬機構之組織，均應立法受國會同意後始可設立。又中央法規標準法第五條第三款規定：「國家各機關之組織應以法律定之。」並無四級機關得授權另以命令定之之規定，為使法律調和，中央法規標準法五條第三款宜配合修正。 三、行政機關組織或附屬機構授權以命令設立者，基於民意監督，於其設立、調整及裁撤之命令發布時，應即送立法院，俾能了解有無違法。
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