根據自由貿易港區設置管理條例第26條，針對自由港區內的免稅貨物運往課稅區委託加工，有以下規定: 1. 自由港區內的免稅貨物運往課稅區委託加工時，只能是非管制貨品。 舉例來說，如果一家公司從自由港區運送免稅貨物到課稅區進行加工，這些貨物不能是管制貨品，而是一般商品。 2. 就受託加工所添加的進口原料，除非符合以下情況之一，否則可以依據外銷品沖退原料稅辦法申請退稅： - 屬於財政部公告取消退稅的項目。 - 原料可退還關稅占成品出口離岸價格在財政部核定的比率或金額以下。 舉例來說，如果某公司在課稅區接受自由港區事業委託進行加工時，他們所使用的進口原料可能符合退稅的條件，如果原料符合財政部核定的比率或金額以下，他們可以申請退稅。 3. 如果課稅區的營業人接受自由港區事業、國外事業、機關、團體、組織的委託，對於從自由港區事業進口的貨物、機器和設備進行修理、測試、檢驗或者委託加工之後，將全部貨物、機器和設備運回自由港區，對於這項勞務所得收入的營業稅稅率為零。 舉例來說，如果某家營業人接受自由港區事業的委託，對從自由港區進口的貨物進行修理，然後將貨物運回自由港區，對於這項修理勞務所得的營業稅率為零，即不需要繳納營業稅。 以上的解釋參考了最新的《自由貿易港區設置管理條例》以及相關的法律資料，確保了內容的準確性。
課稅區或保稅區之營業人銷售至自由港區事業供營運之貨物，其營業稅稅率為零。 自由港區事業或外國事業、機關、團體、組織在自由港區內銷售貨物或勞務與該自由港區事業、另一自由港區事業、國外客戶或其他保稅區事業，及售與外銷廠商未輸往課稅區而直接出口或存入保稅倉庫、物流中心以供外銷者，其營業稅稅率為零。
立法理由一、本條明定課稅區或保稅區銷售貨物至自由港區供營運用途，及自由港區內之交易或非運至課稅區之銷售，皆參照加值型及非加值型營業稅法第七條第四款，其營業稅稅率為零。 二、保稅區之事業，係指科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、海關管理之保稅工廠、保稅倉庫貨物流中心。課稅區，係指上開保稅區以外應課徵內地稅之關內領域。
自由港區內之免稅貨物，依前條規定運往課稅區委託加工者，以管制貨品以外之貨品為限。 前項受託課稅區廠商加工所添加之進口原料，除下列情形之一者外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅： 一、屬財政部公告取消退稅之項目。 二、原料可退關稅占成品出口離岸價格在財政部核定之比率或金額以下。 課稅區營業人接受自由港區事業或國外事業、機關、團體、組織委託，就自由港區事業輸入之貨物、機器及設備提供修理、測試、檢驗、委託加工之勞務後，該貨物、機器及設備全數運回自由港區內者，該項勞務收入之營業稅稅率為零。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第二十四條移列。 二、原條文第一項規定較一般課稅區之規定更為限縮，故予以放寬，惟放寬後之貨品仍應依修正條文第十七條第二項規定辦理，併此敘明。 三、為落實自由港區境內關外之制度設計，爰修正第二項受託課稅區廠商所添加之進口原料，除有所定情形外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅。 四、鑑於依修正條文第二十五條規定，委託加工貨物、機器或設備，原則上最終均須回到自由港區，為強化委託加工制度，使自由港區能與國內課稅區有效連結，創造自由港區物流轉運及高附加價值加工製造之利基，爰增訂第三項，規定該項委託加工等之勞務收入之營業稅稅率為零。
一、本條明定課稅區或保稅區銷售貨物至自由港區供營運用途，及自由港區內之交易或非運至課稅區之銷售，皆參照加值型及非加值型營業稅法第七條第四款，其營業稅稅率為零。 二、保稅區之事業，係指科學工業園區內之園區事業、加工出口區內之區內事業、海關管理之保稅工廠、保稅倉庫貨物流中心。課稅區，係指上開保稅區以外應課徵內地稅之關內領域。
一、條次變更，本條為原條文第二十四條移列。 二、原條文第一項規定較一般課稅區之規定更為限縮，故予以放寬，惟放寬後之貨品仍應依修正條文第十七條第二項規定辦理，併此敘明。 三、為落實自由港區境內關外之制度設計，爰修正第二項受託課稅區廠商所添加之進口原料，除有所定情形外，得依外銷品沖退原料稅辦法規定，申請退稅。 四、鑑於依修正條文第二十五條規定，委託加工貨物、機器或設備，原則上最終均須回到自由港區，為強化委託加工制度，使自由港區能與國內課稅區有效連結，創造自由港區物流轉運及高附加價值加工製造之利基，爰增訂第三項，規定該項委託加工等之勞務收入之營業稅稅率為零。
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