本辦法試辦期間，如有危害國家利益、安全之虞或其他重大事由時，得由行政院以命令終止一部或全部之實施。
試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法第32條規定，在本辦法試辦期間，如果存在危害國家利益、安全或其他重大事由的情況，行政院可以通過命令終止部分或全部的實施。根據這條規定，行政院具有終止該實施的權限，以保護國家利益和安全。
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