根據試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法第31條，有以下兩項規定： 1. 根據該條第1項，行政院可以在金門和馬祖設置行政協調中心，以處理試辦通航相關事務。設置行政協調中心的具體要點由行政院根據需要進行訂定。 2. 根據該條第2項，為了協調海關檢查、入出境證照查驗、檢疫、緝私、安全防護、警衛、商品檢驗等業務以及相關的管理事項，交通部可以設置離島兩岸通航港口檢查協調中心。該中心的具體設置要點由交通部另行制定。 參考資料：根據《試辦金門馬祖澎湖與大陸地區通航實施辦法》第31條，行政院、交通部所制定的相關規定。
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