本法中華民國一百年十一月二十三日修正公布，一百零一年九月六日施行前，已繫屬於智慧財產及商業法院第一審簡易訴訟程序之智慧財產行政訴訟事件，於一百零一年九月六日後，應裁定改依通常訴訟程序，並由原法官繼續審理。
智慧財產案件審理法施行細則第5條規定，在智慧財產案件審理法修正公布之前已經繫屬於智慧財產及商業法院第一審的簡易訴訟程序中的智慧財產行政訴訟事件，在施行日之後，應裁定改依通常訴訟程序審理，而由原法官繼續審理。這項規定的目的是調整適用於智慧財產案件的訴訟程序，以確保更公平和正確的審判。一個例子是，如果在施行日之前，有一個智慧財產行政訴訟案件正在智慧財產及商業法院的簡易訴訟程序中審理，該案件應在施行日之後裁定改為通常訴訟程序，並由原法官繼續審理。
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