根據《威權統治時期國家不法行為被害者權利回復條例》第21條的規定，權利回復基金會在完成本條例的任務時，可以透過以下方式進行相關調查： 1. 通知相關機關、團體、事業或個人前來陳述事實經過或陳述意見。 2. 要求相關機關、團體、事業或個人提供必要的檔案、文件和其他資料或證物。同時，基金會也可以向稅捐稽徵機關調取相關財產、所得、營業、納稅等資料，並不受《稅捐稽徵法》第33條的限制。 3. 派員前往被剝奪財產所有權的不動產所在地進行必要的勘查。 4. 委託鑑定及研究。 5. 委託其他機關辦理特定案件或事項。 6. 其他必要的調查方式。 當相關機關接受第5款委託後，應該立即辦理並以書面方式回覆辦理結果。在執行職務時，調查人員應出示相關的證明文件。如果未能出示相關證明文件，被調查者有權拒絕接受調查。被指定接受調查的相關機關、團體、事業或個人，除非有正當理由，否則不得規避、拒絕或妨礙調查。關於前四項調查相關事項的具體辦法，由權利回復基金會自行制定。
權利回復基金會為完成本條例之任務，得以下列方式調查相關事項： 一、通知有關機關（構）、團體、事業或個人到場陳述事實經過或陳述意見。 二、要求有關機關（構）、團體、事業或個人提出檔案冊籍、文件及其他必要之資料或證物，亦得向稅捐稽徵機關調取財產、所得、營業、納稅等資料，不受稅捐稽徵法第三十三條規定之限制。 三、派員前往被剝奪財產所有權之不動產所在地為必要之勘查。 四、委託鑑定及研究。 五、委託其他機關（構）辦理特定案件或事項。 六、其他必要之調查方式。 機關（構）接受前項第五款之委託後，應即辦理，並以書面答復辦理結果。 調查人員依法執行職務時，應出示相關證明文件；其未出示者，受調查者得拒絕之。 依本條例規定接受調查之有關機關（構）、團體、事業或人員，無正當理由，不得規避、拒絕或妨礙調查。 前四項調查相關事項之辦法，由權利回復基金會定之。
立法理由參考促轉條例第十四條、第十六條及政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例第十一條第二項，規定權利回復基金會各種行政調查之進行方式及若干必要之程序要求。至於調查程序辦法之訂定，宜參酌行政程序法第一章第六節調查事實及證據之規定，本於調查目的之達成，使用調查之手段，以合於比例原則之方式制定。
參考促轉條例第十四條、第十六條及政黨及其附隨組織不當取得財產處理條例第十一條第二項，規定權利回復基金會各種行政調查之進行方式及若干必要之程序要求。至於調查程序辦法之訂定，宜參酌行政程序法第一章第六節調查事實及證據之規定，本於調查目的之達成，使用調查之手段，以合於比例原則之方式制定。
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