根據替代役實施條例第6-1條，第一階段研發替代役或產業訓儲替代役役男適用該條例的規定。而第二階段研發替代役或產業訓儲替代役役男則不適用勞動基準法的規定，除非本條例另有規定。至於第三階段研發替代役或產業訓儲替代役役男與用人單位間具有僱傭關係，有關勞動條件、保險事項等均依據勞動基準法、勞工退休金條例和勞工保險條例的規定辦理，並不適用本條例的規定，而相關費用則由用人單位承擔。關於本條例的具體適用情形及範例，需要參考相關的法律文件和最新的相關資料。
第一階段研發替代役役男，適用本條例規定。 第二階段研發替代役役男，不適用勞動基準法規定；其權利義務事項，除本條例另有規定者外，適用一般替代役之規定。 第三階段研發替代役役男與用人單位間具僱傭關係，有關勞動條件及保險事項，依勞動基準法、勞工退休金條例及勞工保險條例規定辦理，不適用本條例規定；其所需費用由用人單位負擔。
立法理由一、本條新增。 二、有關研發替代役役男於第一階段服役期間，係由主管機關施以軍事基礎訓練及專業訓練，與一般替代役役男相同，爰於第一項明定仍適用本條例之規定。另其第二階段服役期間，雖已分發至用人單位服勤，惟為衡平其與一般役男之權利義務關係，故除其未服滿全部役期時之役期折抵、訓練及服勤管理、婚喪請假、違反勤務規定之處理等事項，本條例另有規定外，有關其他權利義務事項，仍宜與一般替代役同，不適用勞動基準法之規定，爰於第二項明定。 三、按研發替代役役男服役期間，均屬依法履行兵役義務，具役男身分，故無論在何階段，與國家間皆屬公法關係；另研發替代役役男第三階段服役期間，因考量市場運作機制與衡平其權利義務關係，爰採認其與用人單位間具有僱傭關係，且不論用人單位係屬公、私部門或有無勞動基準法之適用，有關該階段役男之勞動條件，如薪俸、職業災害補償、工作年資、退休金之提繳、契約生效與解除之條件及其他與用單人單位間有關權利義務等事項，用人單位均應依勞動基準法及勞工退休金條例規定辦理；保險事項依勞工保險條例規定辦理，並負擔該所需費用，爰於第三項明定。
第一階段研發替代役或產業訓儲替代役役男，適用本條例規定。 第二階段研發替代役或產業訓儲替代役役男，不適用勞動基準法規定；其權利義務事項，除本條例另有規定者外，適用一般替代役之規定。 第三階段研發替代役或產業訓儲替代役役男與用人單位間具僱傭關係，有關勞動條件及保險事項，依勞動基準法、勞工退休金條例及勞工保險條例規定辦理，不適用本條例規定；其所需費用由用人單位負擔。
立法理由配合第四條第一項增訂第三款產業訓儲替代役，爰原條文第一項至第三項酌作修正。
一、本條新增。 二、有關研發替代役役男於第一階段服役期間，係由主管機關施以軍事基礎訓練及專業訓練，與一般替代役役男相同，爰於第一項明定仍適用本條例之規定。另其第二階段服役期間，雖已分發至用人單位服勤，惟為衡平其與一般役男之權利義務關係，故除其未服滿全部役期時之役期折抵、訓練及服勤管理、婚喪請假、違反勤務規定之處理等事項，本條例另有規定外，有關其他權利義務事項，仍宜與一般替代役同，不適用勞動基準法之規定，爰於第二項明定。 三、按研發替代役役男服役期間，均屬依法履行兵役義務，具役男身分，故無論在何階段，與國家間皆屬公法關係；另研發替代役役男第三階段服役期間，因考量市場運作機制與衡平其權利義務關係，爰採認其與用人單位間具有僱傭關係，且不論用人單位係屬公、私部門或有無勞動基準法之適用，有關該階段役男之勞動條件，如薪俸、職業災害補償、工作年資、退休金之提繳、契約生效與解除之條件及其他與用單人單位間有關權利義務等事項，用人單位均應依勞動基準法及勞工退休金條例規定辦理；保險事項依勞工保險條例規定辦理，並負擔該所需費用，爰於第三項明定。
配合第四條第一項增訂第三款產業訓儲替代役，爰原條文第一項至第三項酌作修正。
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