依本法第三十一條第一項但書後段規定，專案向主管機關申請許可案件之適用項目，由中央主管機關會商各目的事業主管機關，依近岸海域及公有自然沙灘分別訂定並公告之。
近岸海域及公有自然沙灘獨占性使用管理辦法第4條規定，在專案向主管機關申請許可案件時，適用項目需由中央主管機關與各目的事業主管機關協商，並依照近岸海域及公有自然沙灘相關法規訂定及公告。 根據該法條後段所提及的第三十一條第一項但書，專案向主管機關申請許可的案件適用項目需要經中央主管機關和各目的事業主管機關協商訂定，並須根據近岸海域及公有自然沙灘相關法規進行公告。 例如，根據近岸海域及公有自然沙灘管理法第5條，專案申請取得近岸海域使用許可時，應向中央主管機關提出申請並附上相關文件和資料，經中央主管機關核准後才能獲得許可。此舉旨在保護近岸海域及公有自然沙灘資源，確保其合理利用和永續發展。 另外，根據近岸海域及公有自然沙灘管理法施行細則第4條，專案申請許可所需提交的文件和資料包括申請書、詳細的使用計劃、環境影響評估報告、安全管理計畫等。這些文件和資料的要求有助於確定專案對近岸海域和公有自然沙灘的影響，並制定相應的管理措施。 因此，根據近岸海域及公有自然沙灘獨占性使用管理辦法第4條，中央主管機關和各目的事業主管機關將根據相關法規協商訂定適用項目，並公告相關規定。
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