法院、警察機關為保護本條例之檢舉人、被害人或證人，於必要時得個別不公開傳訊之，並以代號代替其真實姓名、身分，製作筆錄及文書。其有事實足認檢舉人、被害人或證人有受強暴、脅迫、恐嚇或其他報復行為之虞者，法院得依檢舉人、被害人或證人之聲請或依職權拒絕被移送裁定人與之對質、詰問或其選任律師檢閱、抄錄、攝影可供指出檢舉人、被害人或證人真實姓名、身分之文書及詰問，並得請求警察機關於法院訊問前或訊問後，採取必要之保護措施。但法官應將作為證據之筆錄或文書向被移送裁定人告以要旨，訊問其有無意見陳述。 前項檢舉人、被害人或證人之證詞，不得作為裁定感訓處分之唯一證據，仍應調查其他必要之證據，以察其是否與事實相符。 檢舉人、被害人及證人之保護，另以法律定之。
根據檢肅流氓條例第12條，當法院、警察機關為了保護檢舉人、被害人或證人，在必要時可以不公開傳訊，使用代號代替其真實姓名和身份，並製作相關文件和筆錄。如果有足夠事實證明檢舉人、被害人或證人有受到強暴、脅迫、恐嚇或其他報復行為的可能，法院可以根據檢舉人、被害人或證人的聲請或職權，拒絕被移送裁定人與其對質、詰問，或者拒絕其選任律師檢閱、抄錄、攝影可能顯示檢舉人、被害人或證人真實姓名、身份的文件和詰問內容，並可以要求警察機關在法院訊問前或訊問後採取必要的保護措施。然而，法官應該將作為證據的筆錄或文件的要旨告知被移送裁定人，並詢問其是否有任何意見陳述。 根據法條的第二項規定，檢舉人、被害人或證人的證詞不能作為裁定感訓處分的唯一證據，法院仍需調查其他必要的證據來審查證詞是否與事實相符。檢舉人、被害人和證人的保護事項則由其他法律來規定。 根據「檢肅流氓條例立法意旨」一書中的法律解釋及相關判例，檢肅流氓條例第12條主要是針對涉及有組織犯罪、流氓行為或其他危害社會秩序的案件，為了保護檢舉人、被害人和證人的人身安全，確保其能夠提供真實、信實的證詞，並且不用擔心受到報復。這些保護措施包括使用代號代替真實姓名和身份，不公開傳訊，以及對秘密證人進行必要的保護措施，例如蒙面、變聲、變像或視訊傳送等。同時，法院在使用秘密證人的證詞時應注意適度保護被告的訴訟基本權，例如對證人的證詞進行詳細查驗、對質詰問的權利和直接觀察證人等。因此，根據這些法律規定，法院應該適度保護檢舉人、被害人和證人的利益，並確保案件審理的公正性和正確性。
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