本總局置總局長一人，職務列簡任第十三職等或警監，綜理局務，並指揮、監督所屬單位及人員；副總局長二人，職務列簡任第十二職等或警監，襄理局務。
根據行政院海岸巡防署海洋巡防總局組織條例第 5 條，該條規定了海洋巡防總局的組織架構和職位安排。該條指出，海洋巡防總局的組織包括總局長、副總局長等職位。具體內容如下： 1. 總局長：總局長一人，職務列簡任第十三職等或警監。總局長負責總局的綜理局務，並指揮、監督所屬單位及人員。 2. 副總局長：副總局長共有兩人，職務列簡任第十二職等或警監。副總局長協助總局長處理局務。 參考資料例子：根據《海洋巡防總局組織條例》第 5 條，指出海洋巡防總局的組織架構，其中總局長、副總局長的職位級別和職責分工。該條例是根據海岸巡防署業務的需要而制定，旨在建立一個有效的指揮架構，以確保海洋巡防工作的順利進行。
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