本總局設巡防組、檢查管制組、情報組、後勤組、通電資訊組、督察室、勤務指揮中心、人員研習中心，分別掌理前條所列事項，並得分科辦事。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織條例第3條，海岸巡防總局設有巡防組、檢查管制組、情報組、後勤組、通電資訊組、督察室、勤務指揮中心、人員研習中心等部門，每個部門負責不同的事項。這些部門可以根據需要進行分科職責。 例如，巡防組負責巡防工作，檢查管制組負責進行檢查和管制相關任務，情報組負責收集和分析情報等。這些部門的設置和職責分工，是為了確保海岸巡防總局能夠有效地履行其職能和責任。 參考資料：《行政院海岸巡防署海岸巡防總局組織條例》
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