本總局為執行本條例所定事務，得設北部、中部、南部、東部地區巡防局，其組織另以法律定之。
根據本條例第5條，行政院海岸巡防署海岸巡防總局可以設立北部、中部、南部、東部地區巡防局來執行本條例所定的事務，詳細的組織機構可根據相關法律來規定。根據司法院釋字第484號解釋，該條例適用於海岸巡防機關的組織機構，旨在確保海域、海岸、河口以及非通商口岸的安全，並執行相關的巡防、犯罪調查及其他任務。例如，北部地區巡防局可以負責北部地區的海岸巡防事務，中部地區巡防局可以負責中部地區的海岸巡防事務，以此類推。這些局的設立和組織是為了有效執行行政院海岸巡防署的職責和任務，確保海域和岸邊的安全。
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