會計室分設三科，各科掌理事項如下： 一、歲計科： （一）關於年度預（概）算之籌編事宜。 （二）關於分配預算及修改分配預算事項。 （三）關於預算科目流用、計畫預算變更、追加（減）預算及動支預備金之申請事項。 （四）關於會計制度設計及修訂之擬議事項。 （五）其他有關歲計業務事項。 二、會計科： （一）關於預算執行之控管及原始憑證之審核事項。 （二）關於記帳憑證之編製、會計帳簿之登記、決算與會計報告之編送及公告事項。 （三）關於原始憑證送審與會計憑證、帳簿、報表之整理、保管及報請銷毀事項。 （四）關於暫付款、應付款、保管款、代收款等帳務之清理事項。 （五）關於財務上增進效能及減少不經濟支出之研究建議事項。 （六）關於各項採購案件之監標、監驗事項。 （七）關於公款支付時限案件、財務管理及庫存現金之查核事項。 （八）關於財務及財物管理之內部審核事項。 （九）其他有關會計業務事項。 三、統計科： （一）關於會計人員之人事管理事項。 （二）關於統計資料之調查、蒐集、整理、審核、編製及分析等事項。 （三）關於國有財產增減結存表之審核事項。 （四）關於機關長官及主辦會計人員移交案之相關帳務處理事宜。 （五）關於會計工作研究及資訊化推展事項。 （六）關於本室文書收發、檔案管理及印信典守等事項。 （七）其他有關統計業務事項。
行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第 13 條規定了會計室的分科職掌。根據該條規定： 一、歲計科主要負責年度預算的策劃、分配預算和修改分配預算等事項。 範例：歲計科負責策劃海洋巡防總局的年度預算，並根據需要進行預算的分配和修改。 二、會計科主要負責控管預算執行和審核原始憑證等事項。 範例：會計科審核海洋巡防總局的預算執行情況，並負責審核相關的原始憑證。 三、統計科主要負責人事管理和統計資料的調查、整理、審核、編製和分析等工作。 範例：統計科負責管理海洋巡防總局的人事事務，並負責調查、整理和分析統計資料。 根據行政院海岸巡防署海洋巡防總局辦事細則第 13 條的逐項解釋，可以了解到會計室在預算、會計和統計等方面的職掌和責任。這些規定有助於確保行政機關的財務管理透明、合法和有效。
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