根據海岸巡防法第3條，在海岸巡防機關的掌管之下，有以下事項需要處理： 1. 海岸管制區之管制及安全維護：海岸巡防機關負責管理和確保海岸管制區的安全。 2. 入出港船舶或其他運輸工具之安全檢查：海岸巡防機關應對進出港船舶或其他運輸工具進行安全檢查。 3. 海域、海岸、河口與非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、執行通商口岸人員之安全檢查及其他犯罪調查：海岸巡防機關負責在海域、海岸、河口和非通商口岸進行走私的調查和防止非法出入境，並在執行通商口岸人員的安全檢查時進行犯罪調查。 4. 海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理：海岸巡防機關負責協調、調查和處理涉及海域和海岸的涉外事務。 5. 走私情報之蒐集、滲透與安全情報之調查及處理：海岸巡防機關負責收集走私情報和安全情報，進行情報滲透、調查和處理。 6. 海洋環境之保護及保育：海岸巡防機關負責保護和保育海洋環境。 7. 執行事項： (1) 海上交通秩序之管制及維護：海岸巡防機關負責管制和維護海上交通秩序。 (2) 海上救難、海洋災害救護及海上糾紛之處理：海岸巡防機關負責救援海上事故、災害和處理海上糾紛。 (3) 漁業巡護及漁業資源之維護：海岸巡防機關負責巡護漁業和維護漁業資源。 8. 其他有關海岸巡防之事項：海岸巡防機關還負責處理其他與海岸巡防相關的事項。 此外，根據海岸巡防法第3條第2款，海域和海岸巡防涉及國家安全情報的部分，應受到國家安全局的指導、協調和支援。 這些解釋是根據海岸巡防法第3條的條文內容，其中提及的參考資料包括海岸巡防法本身以及相關法律法規。
行政院設海岸巡防機關（以下簡稱巡防機關），綜理本法所定事項；其組織以法律定之。
立法理由明定行政院設海岸巡防機關，綜理本法所定事項，以落實整體海域及海岸巡防功能，其組織以法律定之。
海巡機關掌理下列事項： 一、海岸管制區之管制及安全維護。 二、入出港船舶或其他運輸工具之安全檢查。 三、海域、海岸、河口與非通商口岸之查緝走私、防止非法入出國、執行通商口岸人員之安全檢查及其他犯罪調查。 四、海域與海岸巡防涉外事務之協調、調查及處理。 五、走私情報之蒐集、滲透與安全情報之調查及處理。 六、海洋環境之保護及保育。 七、執行事項： (一)海上交通秩序之管制及維護。 (二)海上救難、海洋災害救護及海上糾紛之處理。 (三)漁業巡護及漁業資源之維護。 八、其他有關海岸巡防之事項。 前項第五款有關海域與海岸巡防涉及國家安全情報部分，應受國家安全局之指導、協調及支援。
立法理由一、條次變更。 二、第一項修正如下： (一)依修正條文第二條第五款規定，將序文之「巡防機關」修正為「海巡機關」。 (二)鑒於原第六款所定之海洋事務研究發展事項，依海洋委員會組織法第二條規定，應屬海洋委員會掌理事項，而非屬海洋委員會海巡署、海洋保育署及其所屬機關（構），爰予刪除。 (三)原第七款第四目之海洋環境保護及保育事項，依海洋委員會海洋保育署組織法第二條規定，應屬海洋委員會海洋保育署掌理事項，爰將該目移列第六款，並酌作文字修正。 (四)另為符法制體例，刪除第一款至第六款及第七款各目之「事項」；第四款至第六款酌作文字、標點符號修正。 三、第二項酌作文字修正。
明定行政院設海岸巡防機關，綜理本法所定事項，以落實整體海域及海岸巡防功能，其組織以法律定之。
一、條次變更。 二、第一項修正如下： (一)依修正條文第二條第五款規定，將序文之「巡防機關」修正為「海巡機關」。 (二)鑒於原第六款所定之海洋事務研究發展事項，依海洋委員會組織法第二條規定，應屬海洋委員會掌理事項，而非屬海洋委員會海巡署、海洋保育署及其所屬機關（構），爰予刪除。 (三)原第七款第四目之海洋環境保護及保育事項，依海洋委員會海洋保育署組織法第二條規定，應屬海洋委員會海洋保育署掌理事項，爰將該目移列第六款，並酌作文字修正。 (四)另為符法制體例，刪除第一款至第六款及第七款各目之「事項」；第四款至第六款酌作文字、標點符號修正。 三、第二項酌作文字修正。
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