秘書室掌理事項如下： 一、關於施政計畫之彙編及建議事項。 二、關於年度、中長程個案計畫之訂定及管制考核事項。 三、關於海洋事務工作之協調、處理事項。 四、關於研究發展事項。 五、關於為民服務工作之推動、督考及評獎事項。 六、關於組織結構及功能之研析事項。 七、關於辦事細則，各單位研訂掌理事項之彙整、修正及陳審事項。 八、關於本局機關簡介編製事項。 九、關於訴願之受理、答辯處理及國家賠償事件之審議、處理事項。 十、關於企劃及法制業務、法規管理事項。 十一、關於本局印信蓋用及典守事項。 十二、關於本局公文處理之規劃、督檢及收發、分辦事項。 十三、關於本局會議（報）之規劃、記錄整理及分行事項。 十四、關於本局各項會議（報）、活動行程管制事項。 十五、關於本局檔案之點收、分類、編目、典藏、保管、檢調、應用、清查、銷毀、目錄彙送、電子儲存、機密檔案管理、資料登錄及統計事項。 十六、關於本局檔案管理之規劃、檔案資訊之建置、協調推動及督導事項。 十七、關於本局對總局副總局長（含）以上長官「簡報」資料之蒐整及製作事項。 十八、關於本局不屬其他各科、室、中心公文之分發及簽陳裁處事項。 十九、關於本局史政資料彙編之事項。 二十、其他有關本局文書管理之事項。 二十一、關於本局現金、票據及有價證券之收入、支付及保管等事項。 二十二、關於本局員工薪餉造冊發放與所得稅、保險費及歲入款等事項。二十三、關於本局辦公場所與宿舍之環境清潔維護、分配管理及管制等事項。 二十四、關於本局各科室事務用品（消耗性物品與非消耗性物品）統購分配管理與清點事項。 二十五、關於局本部水電管理及辦公廳舍零星修繕等事項。 二十六、關於局本部門禁管制、停車證、各式來賓證之申領及營區整體安全防護等事項。 二十七、關於局本部不動產、辦公暨生活設備、分配、管理及督導事項。二十八、其他有關總務等事項。 二十九、關於立法院、監察院各種會議或巡察建議案、決議案、質詢案之分辦、彙整、協調、聯繫與回覆事項。 三十、關於國會、新聞及公共關係業務作業規範之執行、相關文書擬辦、輿論資料蒐集因應及新聞發布、聯繫等事項。 三十一、關於國內各界人士參觀訪問拜會之接待事項。 三十二、關於民意機關洽詢案件之協調、處理、回覆事項。 三十三、關於媒體記者聯繫活動策劃及新聞媒體採訪本局或所屬單位案件之策辦等相關事項。 三十四、關於本局所屬單位公共關係與新聞聯繫工作之督導、考核事項。三十五、關於本局對外公共關係經營及其他有關公共關係事項。
根據行政院海岸巡防署海岸巡防總局北部地區巡防局辦事細則第13條的規定，秘書室的職掌事項如下： 1. 彙編和建議施政計畫事項。 2. 訂定年度和中長程個案計畫以及進行管制考核事項。 3. 協調和處理海洋事務工作事項。 4. 研究發展事項。 5. 推動、監督和評獎與民眾服務相關的工作事項。 6. 研析組織結構和功能相關事項。 7. 研訂處理辦事細則相關的彙整、修正和陳審事項。 8. 編製本局機關簡介相關事項。 9. 接收訴願、答辯處理以及審議和處理國家賠償事件相關事項。 10. 規劃和管理企劃和法制業務、法規管理事項。 11. 辦理本局公章使用和管理事項。 12. 規劃、督檢以及處理本局公文處理的收發、分辦事項。 13. 規劃、整理和分行處理本局會議（報告）相關事項。 14. 管制本局各項會議（報告）、活動行程相關事項。 15. 點收、分類、編目、典藏、保管、檢調、應用、清查、銷毀、目錄彙送、電子儲存、機密檔案管理、資料登錄和統計本局檔案相關事項。 16. 規劃、建置、協調推動和督導本局檔案資訊和管理相關事項。 17. 蒐整和製作對總局副總局長（含）以上長官的簡報資料相關事項。 18. 分發和簽陳裁處本局不屬於其他科室、室、中心的公文相關事項。 19. 彙編本局史政資料相關事項。 20. 其他有關本局文書管理的事項。 21. 辦理本局的現金、票據和有價證券的收入、支付和保管等事項。 22. 辦理本局員工薪餉的造冊發放以及所得稅、保險費和歲入款等事項。 23. 負責本局辦公場所和宿舍的環境清潔維護、分配管理和管制等事項。 24. 統購、分配管理和清點本局各科室的事務用品（消耗性物品和非消耗性物品）相關事項。 25. 管理本局的水電和辦公廳舍零星修繕等事項。 26. 管制本局的門禁、停車證、各種來賓證的申領以及營區整體安全防護等事項。 27. 管理本局的不動產、辦公及生活設備的分配、管理和督導等事項。 28. 其他有關總務等事項。 29. 處理立法院、監察院的各種會議、巡察建議案、決議案、質詢案的分辦、彙整、協調、聯繫和回覆等事項。 30. 執行有關國會、新聞和公共關係業務作業規範的工作，包括相關文件的起草、輿論資料的收集和新聞發布、聯繫等事項。 31. 處理國內各界人士參觀訪問拜會的接待事項。 32. 協調、處理和回覆民意機關的洽詢案件。 33. 策劃媒體記者聯繫活動和處理新聞媒體對本局或所屬單位案件的採訪等相關事項。 34. 監督和考核本局所屬單位的公共關係和新聞聯繫工作。 35. 經營對外的公共關係和其他相關的公共關係事項。 這些職掌事項包括彙編施政計畫、訂定計畫和管制考核、協調處理海洋事務、研究發展、為民服務、組織結構和功能研析、辦事細則的研訂修正、公文處理、會議規劃和記錄整理、檔案點收和管理、機密檔案管理、薪餉發放和稅務管理、辦公場所和宿舍環境清潔維護、物品統購和管理、不動產管理、公共關係經營等。每一項職掌事項都牽涉到不同的管理和協調工作，以確保局內事務運作順利、有效和合規。
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