機動查緝隊掌理事項如下： 一、關於情報政策及計畫之執行。 二、關於情報諮詢拓展及運用計畫之執行事項。 三、關於走私、非法入出國、反滲透等人、船（筏）資料調查、案件偵辦與移送事項。 四、關於輔助社會治安案件之偵辦、蒐證及移送等事項。 五、關於安全情報、反情報及科技情報部署、蒐集、彙整與運用。 六、關於行政管轄區內領海海域及海洋資源、內水、潮間帶海洋環境污染案件之蒐證、取締、移送事項。 七、關於涉外事務之調查與處理事項。 八、關於地區特性調查、彙整與運用事項。 九、關於海巡文書情報彙整、研析及專題研究事項。 十、關於情蒐裝備教育訓練與保修作業事項。 十一、關於各項情報、保防工作會報（議）分工執行事項。 十二、關於情報預算編制及執行管制事項。 十三、其他上級交辦事項。
根據該法條，海岸巡防總局中部地區巡防局的機動查緝隊有以下職掌事項： 1. 執行情報政策及計畫。 2. 執行情報諮詢拓展及運用計畫。 3. 執行走私、非法入出國、反滲透等人、船（筏）資料調查、案件偵辦與移送事項。 4. 偵辦、蒐證及移送輔助社會治安案件等事項。 5. 部署、蒐集、彙整與運用安全情報、反情報及科技情報。 6. 蒐證、取締、移送行政管轄區內領海海域及海洋資源、內水、潮間帶海洋環境污染案件。 7. 調查與處理涉外事務。 8. 調查、彙整與運用地區特性相關事項。 9. 彙整、研析海巡文書情報並進行專題研究事項。 10. 負責情蒐裝備教育訓練與保修作業。 11. 執行各項情報、保防工作會報（議）分工執行事項。 12. 預算編制及執行管制。 13. 處理其他上級交辦事項。 舉例來說，根據最新的相關資料，海岸巡防局機動查緝隊可能會負責執行反滲透行動中的資料調查與案件偵辦工作，例如收集相關人員和船（筏）的資料來調查是否涉及走私、非法入出國或反滲透等犯罪行為，並在需要時將相關案件移送給檢察官進行偵查起訴。
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