大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域，經扣留者，由海岸巡防機關依下列規定裁罰： 一、漁船： （一）總噸位未滿十：處新臺幣三十萬元以上六十萬元以下罰鍰。 （二）總噸位十以上，未滿一百：處新臺幣六十萬元以上一百二十萬元以下罰鍰。 （三）總噸位一百以上，未滿三百：處新臺幣一百二十萬元以上二百四十萬元以下罰鍰。 （四）總噸位三百以上：處新臺幣二百四十萬元以上六百萬元以下罰鍰。 二、抽砂船： （一）總噸位未滿一千：處新臺幣三百萬元以上五百萬元以下罰鍰。 （二）總噸位一千以上未滿二千：處新臺幣五百萬元以上七百萬元以下罰鍰。 （三）總噸位二千以上：處新臺幣七百萬元以上一千萬元以下罰鍰。 三、其他類船舶： （一）總噸位未滿一千：處新臺幣一百萬元以上三百萬元以下罰鍰。 （二）總噸位一千以上未滿二千：處新臺幣三百萬元以上五百萬元以下罰鍰。 （三）總噸位二千以上：處新臺幣五百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
海岸巡防機關處理大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域案件裁罰標準第2條根據該法規，對於大陸船舶未經許可進入臺灣地區限制或禁止水域且被扣留的情況，海岸巡防機關可以依照下列規定進行裁罰： 1. 若為漁船： (1) 總噸位未滿十的漁船，將會處以新臺幣三十萬元以上六十萬元以下的罰鍰。 (2) 總噸位十以上未滿一百的漁船，將會處以新臺幣六十萬元以上一百二十萬元以下的罰鍰。 (3) 總噸位一百以上未滿三百的漁船，將會處以新臺幣一百二十萬元以上二百四十萬元以下的罰鍰。 (4) 總噸位三百以上的漁船，將會處以新臺幣二百四十萬元以上六百萬元以下的罰鍰。 2. 若為抽砂船： (1) 總噸位未滿一千的抽砂船，將會處以新臺幣三百萬元以上五百萬元以下的罰鍰。 (2) 總噸位一千以上未滿二千的抽砂船，將會處以新臺幣五百萬元以上七百萬元以下的罰鍰。 (3) 總噸位二千以上的抽砂船，將會處以新臺幣七百萬元以上一千萬元以下的罰鍰。 3. 若為其他類船舶： (1) 總噸位未滿一千的其他類船舶，將會處以新臺幣一百萬元以上三百萬元以下的罰鍰。 (2) 總噸位一千以上未滿二千的其他類船舶，將會處以新臺幣三百萬元以上五百萬元以下的罰鍰。 (3) 總噸位二千以上的其他類船舶，將會處以新臺幣五百萬元以上一千萬元以下的罰鍰。 例如，如果一艘大陸船舶未經許可進入臺灣地區且被扣留的總噸位為2000噸，依照上述第2條規定，海岸巡防機關可以將該船舶處以新臺幣七百萬元以上一千萬元以下的罰鍰。
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