本部會計事項及各項收支處理，除依照會計法、公庫法及其他有關法令之規定外，並依左列各款辦理： 一、收入款項由會計處根據財政部填發之動支庫款通知及各項收入憑單，編製收入傳票，呈部次長核章後，送由出納科分別領收，除零用金外，均應隨時存入或解繳國庫。 二、本部各單位凡有關動用經臨各費之案件，須先送會計處核簽，並作權責發生之登記。 三、經臨各費之支出，應由會計處核對支出憑證，就預算範圍內動支。 四、會計處根據各項支出憑證，編製付款憑單，呈請部次長或授權代簽人核章後，送由財政部臺北區支付處辦理支付。 五、未實施集中支付之美金款項其收支仍由會計處編製傳票照前款程序送出納科依照執行。 六、收支傳票，經出納科執行後，應逐日登入現金出納簿，並送還會計處登帳。 七、會計處根據帳冊記錄，按時編製各項會計報表，呈請部次長核示後分別報送有關機關，送審計部之會計報表並應加送支出憑證。 八、現金結存表，由出納科編製一式三份，一份呈部次長核閱，一份送會計處核對，一份存查。 九、本部專戶存管國庫之款項發生支付時應以國庫專戶存管款項支票為之。其支票應由部次長或授權代簽人簽發，並由會計長總務司長、出納科長會簽。 十、本部處理駐外各機構經費，除應遵照有關會計法令外，並依左列規定辦理： (一) 駐外各機構之經費由本部依行政院主計處核定之預算分配數向財政部領取並結匯後，會計處應按月依據各駐外機構之員額核計用人費併同各項定額經費編具經費清單辦理匯撥。 (二) 駐外各機構之臨時費由會計處依據有關規定及財務狀況簽請部次長核定之。
根據外交部暨駐外各機構歲計會計事務處理辦法第2條的規定，會計處需要遵循以下辦理程序： 1. 收入款項的處理：收入款項必須由會計處根據財政部填發的動支庫款通知和各項收入憑單，編製收入傳票，經部次長核章後送至出納科收款，除零用金之外的收入款項都應隨時存入或解繳國庫。 參考資料： - 外交部暨駐外各機構歲計會計事務處理辦法第2條 2. 支出款項的核對：會計處應根據各項支出憑證核對支出款項，並在預算範圍內進行動支。 參考資料： - 外交部暨駐外各機構歲計會計事務處理辦法第2條 3. 付款的處理：會計處根據各項支出憑證，編製付款憑單，經部次長或授權代簽人核章後送至財政部臺北區支付處辦理支付。 參考資料： - 外交部暨駐外各機構歲計會計事務處理辦法第2條 4. 會計報表的編製：會計處應按時編製各項會計報表，經部次長核示後分別報送有關機關，並應加送支出憑證。 參考資料： - 外交部暨駐外各機構歲計會計事務處理辦法第2條 5. 駐外機構經費的處理：在處理駐外各機構的經費時，除了遵守相關會計法令外，還需要依據相關規定辦理，包括預算分配與核算用人費用。 參考資料： - 外交部暨駐外各機構歲計會計事務處理辦法第2條的敘述
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