根據陸海空軍軍旗條例第5條的規定，陸海空軍軍旗分為官職旗和非官職旗。官職旗的種類包括國防部部長旗、國防部參謀總長旗、國防部陸軍司令旗、國防部海軍司令旗、國防部空軍司令旗和國防部後備指揮官旗。國防部部長旗和國防部參謀總長旗的旗式可參照附圖三，而其他旗式由國防部制定。如果官職旗的種類和旗式無法明確表示官職的特性，則國防部可以根據實際需要進行相應的指定。
官職旗，為高級長官職務識別之旗。其區分如左： 一、國防部部長旗。 二、參謀總長旗。 三、陸軍總司令旗。 四、海軍總司令旗。 五、空軍總司令旗。 六、聯合勤務總司令旗。 七、警備總司令旗。 前項各款旗式如附圖三。
立法理由官職旗為高級長官職務識別之旗，主要係各總部總司令以上首長，基於禮儀需要，於校閱部隊或接待外賓時使用之，其未設官職旗者，則以官階旗代之，使旗章更趨完整。
官職旗，區分如左： 一、國防部部長旗。 二、國防部參謀總長旗。 三、國防部陸軍總司令旗。 四、國防部海軍總司令旗。 五、國防部空軍總司令旗。 六、國防部聯合後勤司令旗。 前項第一款、第二款旗式，如附圖三。第三款至第六款旗式，由國防部定之。
立法理由一、依「國防部組織法」第六條規定，國防部設參謀本部，參謀本部置參謀總長，故「參謀總長」官職旗應予保留，並配合組織調整體例，將原條文第一項第二款所定「參謀總長旗」修正為「國防部參謀總長旗」。 二、依「國防部組織法」第十條第一項規定，爰將原條文第一項各款酌作修正。 三、原條文第一項之序文，配合第一項各款之修正，酌作文字修正。
官職旗，區分如左： 一、國防部部長旗。 二、國防部參謀總長旗。 三、國防部陸軍總司令旗。 四、國防部海軍總司令旗。 五、國防部空軍總司令旗。 六、國防部聯合後勤司令旗。 七、國防部後備司令旗。 前項第一款、第二款旗式，如附圖三。第三款至第七款旗式，由國防部定之。
立法理由九十一年八月一日國防部後備司令部司令編階，由原先規劃之中將編階，修訂為上將編階，爰於第一項增訂第七款「國防部後備司令旗」為官職旗，以符實需，並配合修正第二項文字。
官職旗，區分如下： 一、國防部部長旗。 二、國防部參謀總長旗。 三、國防部陸軍司令旗。 四、國防部海軍司令旗。 五、國防部空軍司令旗。 六、國防部聯合後勤司令旗。 七、國防部後備司令旗。 前項第一款、第二款旗式，如附圖三。第三款至第七款旗式，由國防部定之。
立法理由一、為因應國防部陸軍總司令部、海軍總司令部及空軍總司令部改編為司令部，爰配合修正第一項第三款至第五款有關各該司令部司令官職旗之名稱，以符實需。 二、其他酌作文字體例之修正。
官職旗，區分如下： 一、國防部部長旗。 二、國防部參謀總長旗。 三、國防部陸軍司令旗。 四、國防部海軍司令旗。 五、國防部空軍司令旗。 六、國防部後備指揮官旗。 前項第一款、第二款旗式，如附圖三。第三款至第六款旗式，由國防部定之。 官職旗，依前二項規定不足以表示官職之特性時，得由國防部依實際需要定之。
立法理由照委員提案修正通過。
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官職旗為高級長官職務識別之旗，主要係各總部總司令以上首長，基於禮儀需要，於校閱部隊或接待外賓時使用之，其未設官職旗者，則以官階旗代之，使旗章更趨完整。
一、依「國防部組織法」第六條規定，國防部設參謀本部，參謀本部置參謀總長，故「參謀總長」官職旗應予保留，並配合組織調整體例，將原條文第一項第二款所定「參謀總長旗」修正為「國防部參謀總長旗」。 二、依「國防部組織法」第十條第一項規定，爰將原條文第一項各款酌作修正。 三、原條文第一項之序文，配合第一項各款之修正，酌作文字修正。
九十一年八月一日國防部後備司令部司令編階，由原先規劃之中將編階，修訂為上將編階，爰於第一項增訂第七款「國防部後備司令旗」為官職旗，以符實需，並配合修正第二項文字。
一、為因應國防部陸軍總司令部、海軍總司令部及空軍總司令部改編為司令部，爰配合修正第一項第三款至第五款有關各該司令部司令官職旗之名稱，以符實需。 二、其他酌作文字體例之修正。
照委員提案修正通過。
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