現役軍人在本條例適用地區犯罪者，由軍事審判機關追訴審判。但所犯為陸海空軍刑法及其特別法以外之罪，而屬刑法第六十一條所列各罪者，不在此限。 軍事審判機關審判前項但書之刑事案件，於解嚴之日，其軍事審判程序尚未終結或刑事裁判已確定而有再審或非常上訴之原因者；其處理規定，由行政院會同司法院定之。
金門馬祖東沙南沙地區安全及輔導條例第 12 條規定，現役軍人在該地區犯罪時，將由軍事審判機關來追訴審判。但如果所犯的罪行不屬於陸海空軍刑法及其特別法列舉的罪行，而是刑法第六十一條列舉的罪行，則不適用此限制。 根據該條例，對於軍事審判機關審判中的刑事案件，在解嚴之日前，如果審判程序尚未結束，或者刑事裁判已確定但因有再審或非常上訴的原因，那麼其處理規定需要由行政院和司法院共同制定。 這個條例的目的是維護金門馬祖東沙南沙地區的安全，對於現役軍人在該地區犯罪的處理有特殊規定。例如，如果一位現役軍人在這些地區犯下的是陸海空軍刑法及其特別法列舉的罪行，那麼軍事審判機關有追訴審判的權力。但如果犯下的是刑法六十一條列舉的罪行，則不受此限制，也就是說，這樣的案件可以由一般法院來審判。 根據資料提供的法律文本，無法提供特定範例與詮釋確定該法條的具體適用情況。
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