本條例適用地區最高司令部或指揮部，對入出第四條第一項管制區之人員、物品及運輸工具，得指定軍事單位實施檢查。 入出本條例適用地區機場、港口、碼頭之人員、物品及運輸工具，由警察機關會同軍事單位實施檢查。
根據金門馬祖東沙南沙地區安全及輔導條例第6條的規定，該條例適用的地區最高司令部或指揮部可以指定軍事單位來進行對進出第四條第一項管制區的人員、物品及運輸工具的檢查。同樣地，對於進出本條例適用地區的機場、港口、碼頭的人員、物品及運輸工具，則由警察機關與軍事單位一同進行檢查。 相關範例：在金門地區，經地區最高司令部或指揮部宣布的管制區，對於進出該區域的人員、物品及運輸工具，可以由指定的軍事單位進行檢查，以確保區域的安全與秩序。例如，當有懷疑有非法入出國行為的人員，地區最高司令部或指揮部可以指派相關的軍事單位進行身份證明文件和行李的檢查，以防範潛在的安全威脅。此外，在金門地區的機場、港口和碼頭，警察機關也會與軍事單位合作，進行進出站點的人員和物品的檢查，以確保區域的安全和秩序。這樣的檢查可以包括對行李和身份證明文件的檢查，以防止非法物品和人員進入該區域，並維護當地的安全。
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