主管機關之權責如下： 一、訂定科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之政策、制度及中長程目標。 二、核定主辦機關陳報之中長程計畫。 三、綜理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之成效管考。 四、管理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之相關資訊。 五、核定合作或相互委託管制之項目。 六、解釋或函請解釋相關法令。
根據國防部科技工業機構與法人團體從事研發產製維修辦法第9條，主管機關具有以下權責： 1. 主管機關應該制定科技工業機構與法人團體合作或相互委託進行研發、產製和維修的政策、制度和中長程目標。 2. 核准主辦機關提出的中長程計劃。 3. 綜合評估科技工業機構與法人團體合作或相互委託進行研發、產製和維修的成效。 4. 管理相關資訊，包括科技工業機構與法人團體合作或相互委託進行研發、產製和維修相關的資訊。 5. 核准管制合作或相互委託的項目。 6. 解釋相關法令，或提出函件請求解釋相關法令。 以上權責的解釋參考了國防部科技工業機構與法人團體從事研發產製維修辦法相關規定。
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