法務二科掌理綜合所得稅、遺產稅、贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅等行政救濟案件及各稅違章案件之處理等事宜。分設三股，各股之職掌如下： 一、行政救濟一股、二股： （一）復查案件之處理。 （二）訴願、行政訴訟案件之答辯、補充說明及證據調查與言詞辯論之代理。 （三）行政救濟案件案例之分析及研究改進事項。 （四）違反記帳士法第三十四條案件之行政救濟等事項。 二、違章管制股： （一）行政救濟及違章案件之派查、管制及催辦。 （二）各稅非簡易違章案件之審理、裁罰及督導。 （三）違章裁罰案件處分書之處理。 （四）檢舉人獎金之提成及核發。 （五）違反記帳士法第三十四條案件之審理、處罰等事項。 （六）其他有關各稅行政救濟（營業稅及營利事業所得稅除外）及違章派查、管制及催辦行政事項。
根據財政部臺灣省南區國稅局辦事細則第12條，此條規定了法務二科的職掌，包括處理綜合所得稅、遺產稅、贈與稅、貨物稅、菸酒稅、證券交易稅、期貨交易稅、特種貨物及勞務稅等行政救濟案件以及各種違章案件的處理事宜。法務二科分為三個股，各股的職掌如下: 1. 行政救濟一股、二股: - 處理復查案件。 - 代理訴願、行政訴訟案件的答辯、補充說明、證據調查和言詞辯論。 - 分析行政救濟案例，研究改進事項。 - 處理違反記帳士法第34條的行政救濟案件等事項。 2. 違章管制股: - 負責行政救濟案件和違章案件的派查、管制和催辦。 - 審理、裁罰和督導各種非簡易違章案件。 - 處理違章裁罰案件處分書。 - 負責檢舉人獎金的提成和核發。 - 審理和處罰違反記帳士法第34條的案件等事項。 - 處理其他相關行政事項，包括各種稅收行政救濟（營業稅和營利事業所得稅除外）和違章案件的派查、管制和催辦。 以上內容參考了財政部南區國稅局網站的相關資料，該資料可在南區國稅局的官方網站找到。
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