會計室掌理歲計、會計事項，並兼辦統計事項。分設三股，各股之職掌如左： 一、第一股： (一) 本局及所屬支局歲入預算之控管。 (二) 歲入類原始憑證之審核。 (三) 歲入類記帳憑證之造具。 (四) 歲入類會計簿籍之登載。 (五) 歲入類會計報表之編製。 (六) 歲入類會計檔卷之整理、保管。 (七) 有關徵課會計制度之研擬、推行。 (八) 其他有關歲入會計事項。 (九) 兼辦一般公務統計事項。 二、第二股： (一) 本局及所屬支局歲出預算之控管。 (二) 經費類原始憑證之審核。 (三) 經費類記帳憑證之造具。 (四) 經費類會計簿籍之登載。 (五) 經費類會計報表之編製。 (六) 經費類會計檔卷之整理、保管。 (七) 其他有關歲出會計事項。 三、第三股： (一) 本局及所屬支局歲出、入概算之彙編。 (二) 本局及所屬支局預算執行之監督、審核。 (三) 會計憑證之事後查核及送審。 (四) 有關現金、有價證券、保管品及財產物品之檢查。 (五) 營繕工程、財物購置、定製、變賣之監辦及相關合約會簽。 (六) 財產統制帳之登載處理。 (七) 內部檢查之執行。 (八) 本室人事、文書、庶務等行政事項之辦理。
根據財政部臺北關稅局辦事細則第14條，會計室負責處理歲計、會計事項，並兼辦統計事項。會計室分為三股，各股的職掌如下： 第一股： 1. 控管本局及所屬支局的歲入預算。 2. 審核歲入類的原始憑證。 3. 造具歲入類的記帳憑證。 4. 登載歲入類的會計簿籍。 5. 編製歲入類的會計報表。 6. 整理和保管歲入類的會計檔案。 7. 研擬和推行有關徵課會計制度。 8. 其他和歲入會計事項相關的工作。 9. 兼辦一般公務統計事項。 第二股： 1. 控管本局及所屬支局的歲出預算。 2. 審核經費類的原始憑證。 3. 造具經費類的記帳憑證。 4. 登載經費類的會計簿籍。 5. 編製經費類的會計報表。 6. 整理和保管經費類的會計檔案。 7. 其他和歲出會計事項相關的工作。 第三股： 1. 彙編本局及所屬支局的歲出和歲入概算。 2. 監督和審核本局及所屬支局的預算執行。 3. 事後查核和送審會計憑證。 4. 檢查現金、有價證券、保管品和財產物品。 5. 監辦營繕工程、財物購置、定製和變賣，並簽署相關合約。 6. 登載和處理財產統制帳。 7. 執行內部檢查。 8. 辦理本室的人事、文書、庶務等行政事項。 以上解釋參考了《財政部臺北關稅局辦事細則》並引用了部分法條的內容，特別是第14條的各股職掌。
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