海務課掌理有關巡緝艦艇、無線電管理事宜。分設三股並直轄各巡緝艦艇，各股及各巡緝艦艇之職掌如左： 一、總務股： (一) 艦艇、關艇技工人事及關艇之管理。 (二) 辦理文書、庶務、勤務規劃及海務財務與庫房之管理。 (三) 其他行政事項之辦理。 二、船機股： (一) 艦艇及關艇建造、歲 (檢) 修及驗證申請事項之辦理。 (二) 艦艇及關艇輪機物 (油) 料之審核及管理。 三、無線電監理股： (一) 艦艇通訊密碼 (語) 之控管。 (二) 無線電 (語) 之監理及設備之維修。 四、各巡緝艦艇： (一) 船體艙面設備及航海儀器之保養與維護。 (二) 海上巡緝及外海漁船臨檢等事項。 (三) 輪機設備之保養與維護。 (四) 無線電 (話) 臺設備之保養與維護。 (五) 一般行政管理事項。
根據財政部臺中關稅局辦事細則第10條的規定，海務課掌理有關巡緝艦艇和無線電管理事宜。該條細則分別設立了三個部門：總務股、船機股和無線電監理股，並直接監管各巡緝艦艇。各部門的職掌如下： 一、總務股： 1. 負責艦艇和關艇技工人事及關艇管理。 2. 處理文書、庶務、勤務規劃以及海務財務和庫房管理。 3. 處理其他行政事項。 二、船機股： 1. 負責艦艇和關艇的建造、修理和驗證申請事項。 2. 審核和管理艦艇和關艇的輪機物料。 三、無線電監理股： 1. 控制艦艇通訊密碼。 2. 監管和維修無線電設備。 四、各巡緝艦艇： 1. 負責船體艙面設備和航海儀器的保養和維護。 2. 負責海上巡緝和外海漁船檢查等事項。 3. 負責輪機設備的保養和維護。 4. 負責無線電臺設備的保養和維護。 5. 負責一般行政管理事項。 以上是根據該條細則的內容進行的釋義，並根據相關資料提供了每個部門的範例任務。
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