稽徵機關對藍色申報案件申報達各該業所得額標準以上者，即以其原申報額予以分析比較核定，如未達所得額標準者，應再個別調查核定之。
藍色申報書實施辦法第16條規定，稽徵機關對於藍色申報案件中申報的營利事業所得額達到所得額標準以上的情況，應進行分析比較核定。如果申報的所得額未達到所得額標準，則稽徵機關應進行個別調查核定。 根據財政部七十九年十一月二十二日台財稅發第八二一０號令釋，在藍色申報制度下，稽徵機關應進行對申報案件的分析比較核定，來確定所得稅的應納稅額。這意味著，稽徵機關需要對藍色申報案件中申報的營利事業所得額進行審查和核定。 舉例來說，假設某公司申報的營利事業所得額為100萬元，而所得額標準為80萬元。稽徵機關在核定時會對該公司的申報額與所得額標準進行比較，如果申報額高於所得額標準，則該申報案件可以被接受並核定。然而，如果申報額低於所得額標準，稽徵機關則需要進一步調查核定，確定實際應納稅額。
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