課稅所得額及稅額計算之查核： 一、以往年度營業虧損之扣除： （一）核對前五年核定虧損扣除餘額是否正確；查明本年度是否合於扣除規定。 （二）其有合併或分割情事者，應與相關文件核對，查明是否合於扣除規定；及本年度得扣除金額是否依規定正確計算。 二、免稅所得： （一）其屬專營或兼營建屋出售者，應查明土地交易所得之計算，是否依規定分攤營業費用及利息支出。 （二）其屬以有價證券買賣為專業者，應查明證券交易所得之計算，是否依規定分攤營業費用及利息支出。 （三）其依法享受免徵所得稅獎勵者，應查明是否已取得核准證明等各項規定文件；核對帳簿、憑證、文件等資料，查明是否合於規定免稅要件；是否仍在免稅期間；免稅所得是否依規定正確計算，有關計算方法、公式、成本費用之分攤歸屬等計算過程並應詳予說明。 三、國外及大陸稅額之扣抵： （一）查明是否取得規定之證明文件。 （二）查明是否依規定正確計算。 四、投資抵減稅額： （一）核對期初尚未抵減餘額，查明有無超過規定抵減年度項目；核對結轉金額是否正確。 （二）依投資抵減項目別，逐項抽查本年度投資支出是否合於規定適用要件；是否取得核准證明等各項規定文件；各項支出之入帳基礎是否正確；是否取具合法憑證。 （三）查明本年度各項投資支出總額、抵減率、可抵減總額是否依規定正確計算；申報實際抵減稅額是否正確。
營利事業委託會計師查核簽證申報所得稅辦法第17條針對課稅所得額及稅額計算之查核進行規定。以下為該條所涵蓋的各項內容： 一、以往年度營業虧損之扣除： 在查核過程中，需要核對前五年核定虧損扣除餘額是否正確。此外，還需查明本年度是否符合扣除規定。 舉例：如果公司於前五年有核定的營業虧損餘額，則應確認在本年度是否按照相關規定的扣除程式進行計算。 二、免稅所得： 查核過程涉及不同類型的免稅所得，如專營或兼營建屋出售、以有價證券買賣為專業、依法享受免徵所得稅獎勵等。需核對土地交易所得與證券交易所得的計算是否依照規定進行營業費用及利息支出的分配。 舉例：若一家公司所得是來自於房地產銷售利潤，則查核過程需要確認其營業費用及利息支出是否按照相關規定進行計算。 三、國外及大陸稅額之扣抵： 在進行查核時，需要核對是否取得規定的國外及大陸稅額扣抵的證明文件，並確認計算是否符合相關規定。 舉例：一家公司營業所得在外國或大陸享有稅款扣抵的權益，則需要核對是否取得相應的證明文件，以及稅款扣抵的計算是否符合相關規定。 四、投資抵減稅額： 查核過程需要核對期初尚未抵減餘額，並確認有無超過規定抵減年度項目。同時，需要逐項抽查本年度投資支出是否符合相關規定要件，並檢查是否取得核准證明文件，以及入帳基礎和憑證是否正確。 舉例：一家公司聲明投資抵減稅額的項目，則需要核對其在本年度的投資支出是否符合相關規定，包括是否取得核准證明文件和相應的憑證。 參考資料： 1. 財政部營業所得稅體系 2. 財政部所得稅查核準則
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