會計師辦理所得稅查核簽證申報工作，有關會計事項及納稅事務，依所得稅法、促進產業升級條例、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅查核準則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則及有關法令之規定；其未規定者，依一般公認會計原則。
「營利事業委託會計師查核簽證申報所得稅辦法」的第6條規定了會計師辦理所得稅查核簽證申報工作所需遵從的相關法規，包括所得稅法、促進產業升級條例、中小企業發展條例、企業併購法、營利事業所得稅查核準則、營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則等。若這些法規中未有明確規定，則需依照一般公認會計原則辦理。依據上述法條，會計師在辦理所得稅查核簽證申報時必須參考相關法規和準則，以確保遵循相關法律和會計原則。
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