本辦法依關稅法第十四條第三項及第二十條第三項規定訂定之。
運輸工具進出口通關管理辦法第1條的法源來自關稅法第14條第3項及第20條第3項的規定。根據最新的關稅法，第14條第3項規定了進口貨物的完稅價格評定方法，而第20條第3項則規定了載運客貨的運輸工具進出口通關的責任方和申報義務。根據這些法條，運輸工具業者需要向海關提出相關文件並申請結關，海關則核發結關證明書，確認運輸工具已完成貨物出口的通關程序。根據這些規定，不論貨物是否經申報，只要運輸工具駛離裝卸港口或關卡，海關即視其為完成通關程序，無法對當時已離境的貨物進行檢查或管制。
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