運輸工具進出口通關管理辦法第11條規定了運輸業或其負責人在違反相關關務法規且情節重大，且受到處分未逾三年的情況下，應不予核准登記或撤銷已登記者的登記，並自撤銷之日起失效。 根據這條規定的第2款，所謂的違反相關關務法規情節重大且受到處分未逾三年的情況，指的是在申請登記日起倒推三年內有私運紀錄；或因虛報貨物進出口等違規情事，造成所漏關稅稅額、溢沖退稅額或定額罰鍰單獨或累計超過新台幣五十萬元，或沒入貨物價值單獨或累計超過新台幣一百萬元。但如果違章情事是由於相關業者的操作失誤所造成的，則不予計算。 這條規定的目的是要確保運輸業的合法性和有序性，並防止違規行為對關稅和貨物價值造成重大損失。通過對違反相關關務法規的情節和處分進行限制，可以確保運輸業者遵從關務法規，並保護關稅收入和公眾利益的安全。
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