運輸業或運輸工具負責人違反第十二條第二項或第四十九條第一項規定者，由海關依關稅法第八十三條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下轉運、轉口、進出口通關申報業務或廢止其登記。
依據運輸工具進出口通關管理辦法第87條，運輸業或運輸工具負責人違反該條第十二條第二項或第四十九條第一項規定的情況下，海關有權給予警告或處以新台幣六千元以上三萬元以下的罰鍰。對於違規者，海關也可以設定一個期限，要求他們改正違規行為；如果在期限屆滿後仍未改正，則可以按次處罰；如果已經被處罰三次仍未完成改正，則可以暫停該運輸業者或運輸工具負責人的轉運、轉口、進出口通關申報業務，或廢止他們的登記。 當中的參考資料可從「運輸工具進出口通關管理辦法」及「關稅法」中找到相關的規定。這些規定涉及到運輸業者或運輸工具負責人在進行進出口通關申報業務時應遵守的行為規定，以及海關對於違規行為的處罰措施。
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