離島免稅購物商店符合下列各款規定，得向海關申請核准實施自主管理： 一、制度完善，營運正常及管理良好，對保稅貨物之進貨及銷貨有關資料設有完整之電腦控管作業流程。 二、業者無積欠已確定之稅額及罰鍰。但已提供相當擔保者，不在此限。 三、具備完整點驗及門禁管制作業程序，以控管保稅貨物之進出。
離島免稅購物商店設置管理辦法第 7-1 條規定，離島免稅購物商店如果符合以下條件，就可以向海關申請核准實施自主管理： 一、制度完善，營運正常及管理良好，對保稅貨物的進貨及銷貨有關資料設有完整的電腦控管作業流程。 二、業者沒有欠款已確定之稅款及罰鍰。但如果已提供相當的擔保，則不在此限。 三、具備完整的點驗及門禁管制作業程序，以控制保稅貨物的進出。 根據參考資料，根據條例來看，符合以上三個條件的離島免稅購物商店可以申請自主管理。
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