內部稽核單位對營業、財務保管及資訊單位每年至少應辦理一次一般查核及一次專案查核，對其他管理單位每年至少應辦理一次專案查核。 信用合作社內部稽核單位應將遵守法令主管制度之執行情形，併入對業務及管理單位之一般查核或專案查核辦理。 第一項之內部稽核報告、工作底稿及相關資料應至少保存五年。
根據信用合作社內部控制及稽核制度實施辦法第20條的規定，信用合作社的內部稽核單位需要每年至少進行一次一般查核和一次專案查核對營業、財務保管和資訊單位進行審核，對其他管理單位至少進行一次專案查核。內部稽核單位還需要將遵守法令和主管制度的執行情況納入對業務和管理單位進行一般查核或專案查核的辦理。此外，內部稽核報告、工作底稿和相關資料要保存至少五年。 這些規定可以確保信用合作社內部的監控和稽核制度有效運作，以保障機構的合規性和風險管理。通過對不同單位進行查核，內部稽核單位可以發現潛在的問題和改進的機會，並提供建議和建議以改進業務和管理過程。保存內部稽核報告等相關資料可以作為查證和追溯的依據，並可供審計機構或監管機構進行審查和審計。
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